皮肤微生物群与宿主、环境之间保持协调的、生理的、动态的平衡，它有益于宿主，这种平衡就是皮肤微生态平衡。皮肤的常住菌受宿主内分泌功能、皮脂腺分泌、汗腺排泄、表皮细胞分化如角质化、皮肤pH、以及外环境如气温、湿度、大气压等影响，可发生生态演替，建立新的微生态平衡，微生态平衡是动态的、和谐的、平衡的，这种微生态平衡的建立对于生物屏障的构成、皮脂腺的分解、皮脂膜 (酸罩acid mantle)形成等起重要作用，它有益于宿主。

生理作用
（1）营养作用
表皮棒状上皮细胞逐渐角化后的一些残余物如磷脂和相当数量的胱氨酸、半胱氨酸，正常表皮细胞含的大量葡萄糖，皮肤细胞和间质所含的水分与电解质和钾离予、钠离子、钙离子，以及皮肤每日蒸发和排汗所带出一定量的糖、电解质等，这些都是皮肤微生物良好的培养基，面皮肤微生物分解脂类、固醇类、角质蛋白等也可以通过角质层细胞膜、毛囊开口处及细胞间隙为皮肤棘细胞和基底层圆柱细胞等吸收，促进皮肤细胞的生长，延缓老化和皱纹的产生。

皮脂腺分泌的脂质由微生物参加的代谢作用形成一层乳化脂质膜，这层脂质膜由许多游离脂肪酸构成，称为皮脂膜又称为酸罩，它可以中和沾染皮肤的碱性物质，能抑制细菌、真菌等致病微生物生长，因此皮肤微生物对皮肤尚有重要保护作用。同时这乳化脂质膜与角质层一起尚有防止水分过渡蒸发作用。皮肤水分在皮肤细胞代谢中起重要作用，因此皮肤微生物群对皮肤的营养、代谢、体温调节有重要作用。
（3）免疫作用
皮肤是个重要的免疫器官，它既可用以测定机体的免疫状况如速发型皮肤超敏反应试验，如青霉素、免疫血清试验。又如皮肤毒素试验，如锡克、狄克试验，或迟发型皮肤超敏反应试验如OT试验等。而且皮肤还是一个重要的免疫接受器官，如卡介苗、牛痘接种等。皮肤微生物尤其是过路菌中致病性或条件致病性菌作为自然存在的非特异性抗原、刺激机体的免疫系统，以增强机体普遍的免疫力。
（4）自洁作用
皮肤微生物群尤其是优势种群如丙酸杆菌、表皮葡萄球菌等分解皮脂，形成游离脂肪酸，使皮肤表面处于偏酸性状态即酸性乳化脂膜，可以拮抗许多条件致病菌和致病细菌生长，如金黄色葡莓球菌、链球菌等。因此皮肤微生物群对皮肤自洁起重要作用。
（5）生物屏障作用
有层次并且有序地定植在皮肤上的微生物群，犹如一层生物膜，不仅对机体裸露表皮起占位性保护作用，而且直接影响定植抗力，使外袭菌或致病菌无法立足于机体的皮肤表面。皮肤的常住菌，即微生态系中优势种群，形成和谐的微生态社会(群落和生态系)，彼此间相互制约，又彼此协调，相生相克表现出更多的正相互作用，共同形成了一个相当稳定的、有一定个体特异性的生物屏障，保护了机体(即宿主)的健康。