03-04赛季，佩鲁贾在托托杯赛场上干掉了沃尔夫斯堡晋级联盟杯，邓迪联、萨罗尼克都曾是意甲新军的手下败将，直到第三轮才被埃因霍温拦截。但因被欧洲赛事拖累，联赛表现欠佳最终排名15，佩鲁贾降入乙级。
04-05赛季乙组联赛第4名，参加升班辅加赛被拖连奴击败未能升级，由于班主高奇因债务问题破产，佩鲁贾无法出具注册资金而降入丙级新财团加入，球会易名佩鲁贾足球会S.r.l.，新班主为鲁度·柏曹治（Lodo Petrucci），参加丙级C1联赛。
之后佩鲁贾在丙级C1联赛混迹多年，2010年5月，佩鲁贾时任老板科瓦雷利因为经济原因无法再继续支持佩鲁贾，宣布破产。6月9日，意大利破产委员会拍卖了佩鲁贾的体育资源，球场和俱乐部设施都被充公，俱乐部也被降入意丁联赛。科瓦雷利在重新融资后，又在上月底递交了注册申请希望让俱乐部重新打上丙级联赛，但是在9月1日俱乐部注册最后截止日期前，意大利足协还是向这位威尼斯商人关上了大门。他们宣布佩鲁贾无法注册丙级联赛，新赛季降入丁级。最终在佩鲁贾市政府的帮助下，石油商人达马利基出手收购了佩鲁贾俱乐部。得到俱乐部降级的确切消息后，达马利基任命前桑普主帅诺维利诺出任俱乐部总负责人，这支在6年内三次降级两度破产的小球会得以在丁级联赛中继续前进。丁级已是意大利职业联赛的最低级，距离非职业足球仅差一步。
在丁级联赛混迹一年后，佩鲁贾升入丙级，并在11-12赛季丙组C2联赛中获得冠军升入丙组C1联赛，12-13赛季丙组C1联赛第二名，13-14赛季丙组C1联赛冠军顺利升入乙级联赛。佩鲁贾在自我救赎的道路迈出了坚实的一步。
目前，佩鲁贾在14-15赛季已经冲进了意乙附加赛！希望在附加赛中一飞冲天！佩鲁贾也有大梦想，佩鲁贾离开意甲11年了希望回去