自天地初分以来，人间经历了三皇五帝、夏商之治，百姓安居乐业，畅享太平。但天下大事合久必分，无一例外。到了商纣七年，成汤气数已尽，先是北海袁福通率领七十二路诸侯反商，国之栋梁太师文仲不得不远离朝堂前去讨伐，后失去掣肘的纣王在参拜女娲时题诗亵渎圣母，引来引来一场惊天浩劫。
女娲娘娘算得纣王无德商室当灭，圣主已生周室当兴，于是命其治下之九尾狐、雉鸡精与琵琶精前去魅惑纣王，以顺应天意。九尾狐化身为冀州侯苏护之女妲己进宫侍君，引得纣王沉迷于美色，流连于酒池，不思社稷，荒废朝政，更有铸炮烙杀忠良、施苛政宠佞臣，军民离心人神共愤……
与此同时，原本不问世事的修道者，也因人间浩劫将至而无法潜心修炼，于是下山入世修行。为了顺应天意助周灭商，也为了帮助修道之人度过修炼之劫，阐教以元始天尊为首召集五大门派以及截教，商议共同签押封神榜，让所有参与助周灭商的修道之人，都能度过修炼之劫登榜封神。
但是，原本就与阐教不睦的截教，在共同签押封神榜一事上，不满于阐教的一手操纵，最后关头改变立场。为了与阐教一争高下，在截教通天教主的默许下，截教人士纷纷投入到商汤阵营，成为五教助周灭商的最大障碍。
五大门派与截教使尽浑身解数，借助商灭周兴的动乱之际，为证明各自的修行之道而明争暗斗。面对商纣大军，以及艰险狡诈的截教门徒，身为五教之新纳弟子，玩家能否完成助周灭商大业，从而修成正果?新的神话正在《封神榜》中诞生。