正蓝境内有大小河流共21条，由两大水系组成。北部属呼日查干诺尔水系，主要由流经浑善达克沙地的高格斯台河，芒克敖里木河等内流河组成；南部属滦河水系，主要由发源于旗南部低山丘陵区的上都河、慧温河等外流河组成。境内河流总长度283.9公里。除此之外，还有水泉16个，湖泊（诺尔）142个，最大的淡水湖是扎格斯台诺尔，最大的咸水湖是浩勒吐音诺尔。在春季和夏季，主要河流和湖泊中栖息着许多鸟类。
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