1.专业定位问题
目前，绝大多数高校的软件工程专业是在计算机科学与技术专业基础上发展起来的。那么，软件工程专业和计算机科学与技术专业到底有什么区别，这两个专业如何协调发展呢？
对计算机领域来说，专业活动可分为三种类型：科学研究、技术研究与开发、工程设计与应用，即“科学-技术-工程”这样一根轴线。越偏向“科学”抽象性越强，越偏向“工程”应用性越强。笔者认为，计算机科学与技术专业应该重点培养科学与技术方面的人才，而软件工程专业则重点培养技术与工程方面的人才。另外，软件工程专业相比于计算机科学与技术专业，更强调软件设计与开发过程中的系统性、可操作性和可重用性。对软件工程专业的人员来说，在能力要求上更加注重选择与评价、沟通与团队、重用与变更等方面的能力。
2.培养目标问题
由于软件工程专业重点是培养技术与工程方面的人才，不同学校的专业培养可以有不同的侧重，如重点培养软件工程方法方面的人才或软件技术人才，或技术与工程兼得的人才(不妨称为软件人才)。相应的，培养目标的不同，将导致各学院在基础课程设置和实践重点方面的侧重点不同。
除以上主要因素外，还有教材使用、师资队伍等因素影响学校软件工程专业的课程设置。由于软件工程专业在我国发展较晚和示范性软件学院培养国际化人才的要求，该专业的许多教材仍然需要引进国外优秀教材。而软件工程专业对工程实践能力的高要求，使得许多核心课程和专业课程都需要有相应经验的教师才能胜任，因此，外聘一部分有软件企业工程实践经验的教师也是目前比较可行的师资方案之一。