HPV潜伏感染，有学者称之为HPV隐匿性感染。是指HPV进入机体皮肤粘膜后不引起任何临床表现和组织学改变的一种HPV存在状态，只能用分子生物学等方法通过检测HPV发现。通过肉眼和醋白试验无法分辨。
　　尖锐湿疣患者在其非皮损部位存在HPV潜伏感染，HPV潜伏感染发生率较高，如有学者发现正常妇女HPV潜伏感染发生率高达70%。尖锐湿疣患者醋酸试验阴性的非皮损区通过PCR检测HPV，阳性率达72%。而一般治疗只是针对看得见的疣体，而非皮损区的潜伏感染却无法治疗，而非皮损区如果有潜伏感染，随时有可能再长出新的疣体，这也是尖锐湿疣容易复发的最难以解决的因素。其他一些研究也表明HPV潜伏感染可广泛存在于男女性外生殖器和肛门等部位皮肤粘膜中。
　　HPV潜伏感染持续时间的长短尚不完全清楚。尽管有学者作了一些观察，但还有大量工作需要深人进行。多数学者认为HPV潜伏感染可在几个月或几年内消退。但有学者推测HPV潜伏感染状态可能伴随终身，并且间断性有传染性。另一些研究表明HPV潜伏感染的持续时间长短与被感染机体细胞免疫功能以及所感染的HPV毒力强弱等有关，如被感染机体细胞免疫功能低下，且所感染的HPV毒力强则其潜伏感染时间长，反之则短。
　　HPV潜伏感染的重要性及其在HPV传播流行中的作用还有待进一步研究阐明，但有一点是肯定的，那就是引起皮肤粘膜的各种病变，在肛门外生殖器发生尖锐湿疣亚临床表现、发生尖锐湿疣，而且尖锐湿疣复发与HPV潜伏感染有密切的关系。因此，HPV潜伏感染是尖锐湿疣最早期的阶段，是发生尖锐湿疣及其有关病变的基础。