卓尼土司的始祖大约在唐朝末年率其家族和十六部落离开西藏，经过几个世纪的辗转迁徙，在元末明初由四川若尔盖进入甘南的迭部地区。明永乐二年(1404年) ，卓尼土司先祖些地征服了迭部达拉18族。永乐十六年(1418年)，些地献地投明，入京朝贡，被授为洮州卫世袭指挥佥事兼武德将军，为第一代土司。

明正德三年（1508年），第五代土司旺秀进京晋见皇帝时，皇帝赐其姓杨名洪，从此卓尼土司以杨为姓。此后通过武力扩张，辖区不断扩大。到清代，卓尼土司多次受封，势力极盛，成为甘青各土司中势力最强者。明、清王朝对甘青川藏区各部实行“分而治之”的政策，使藏族各部落长期相互对立，卓尼土司政教合一政治制度便是在这种时代背景下产生并发展起来的。卓尼土司最盛时辖区包括今甘肃卓尼、迭部全境和舟曲及临潭部分地区，面积达35000平方公里。辖领16掌尕，48旗，520族，15000余户，近10万人。

卓尼的最后一代土司是杨积庆的次子杨复兴，1949年杨复兴率部起义，终结了土司制度，投身于社会主义的伟大事业，为党和人民作出了重大贡献。

卓尼土司政权是政教合一的地方政权。卓尼政教合一制与西藏和拉卜楞寺的政教合一制有所不同。在西藏和拉卜楞寺政权低于教权；而在卓尼，政权高于教权。历代土司的继承，遵循着世代延续下来的一种习惯法，即“政属于土司，教属于僧纲；兄任民长，管理政务；弟任寺主，主持宗教；土司长子例袭土司，次子例袭僧纲。遇独子时，土司得兼僧纲，政教合而为一”。由于单传或其它原因，在卓尼大寺的僧纲谱系中，仅有六任僧纲是专职的，其余十四任由土司兼任。卓尼政教合一的历史上也有这样的情况：当土司早亡或一时难以选定继承人选时，僧纲也破例承袭土司位。如第十五代土司杨宗业（丹增仁钦嘉）早亡后，已任卓尼大寺僧纲的杨宗基（钦甲久美多吉）承袭土司位并兼世袭僧纲。另外还有一种情况：土司和僧纲的承袭者均年幼不能理政时，由祖母和母亲代理政教事务。如第十四代土司杨声幼时，卓尼政教事务均由其祖母仁钦华宗代理。1937年8月，第十九代土司杨积庆和长子杨琨被部属杀害后，年仅八岁的次子杨复兴继位，三子杨丹珠年仅三岁。在这种特殊情况下，杨积庆遗孀杨守贞毅然代理卓尼政教事务。当土司能亲政时，妇辈代理政务的局面就结束了。

卓尼政教合一制之所以延续几个世纪，还与中央王朝政府的大力支持这一外部因素分不开，如：明政府在卓尼大寺设立僧纲置；1713年，清康熙皇帝封卓尼大寺第二任僧纲兼法台阿旺赤勒加措为大国师，并赐卓尼大寺“禅定寺”扁额。正是由于中央王朝的大力支持，卓尼政教合一制度才得以长期发展而不衰。

卓尼土司统治区内最大的寺院是卓尼寺，主持为僧纲。僧纲如土司政权一样，一直掌握在杨氏家族手中，“兄为土司，弟为寺主”的制度世代相传。清因明制， 在洮岷河湟地区实行土司制度，加强了对这一地区的统治。清廷除大力提倡和扶持格鲁派外，还在邻近内地的藏族地区分封了一大批地方喇嘛上层人物，使他们掌握当地一定的权力。卓尼土司是朝廷的地方官员和该地的封建领主，既是统治阶级的代理人，直接受中央王朝调遣，又是该地区藏族的总代言人，得到辖区藏族的信任和拥护。土司与土民、土兵、旗长和总管之间，形成一种较强的人身依附关系。土司属民只知洪布（土司），而不论朝廷， 中央王朝的一切政令必须经土司衙门才能最后执行。

卓尼土司辖区最大的寺院是禅定寺，统领108个寺院，17个教区，包括今卓尼、迭部、临潭、舟曲等地。禅定寺的僧纲虽被封为“呼图克图”，但只能由卓尼土司家族世袭，而不是转世活佛。卓尼土司利用宗教地位巩固其政治地位，以教辅政，以政扶教，用宗教和文化纽带把辖区属民紧紧连在一起，这就加强了其属民的凝聚力及在政治和宗教上对土司的依附性。对维护其辖区内藏族的统一起了决定性作用。

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