新人请教一个问题

我是一个税务会计，老板有部分产品是做出口的，但是最近外国企业指定了一家进出口公司做代理。现在那家公司涉嫌骗税，可能会查我们的账。但当时要求老板直接把货卖给进出口公司，再卖给国外的厂家（中间肯定有猫腻，估计是采购和进出口公司有合作）。
现在看起来是我们和进出口公司做了一笔交易而已，想问下这样会找到我们公司头上吗？
而且现在税务局请我们配合调查，请问要注意哪些？
以前从没接触过这些