公元2631年，一颗携有外太空异形的陨石降落在大洋中一个神秘小岛上，并且建立了外星基地企图消灭地球，其中一个叫“红鹰”的军事组织投靠了异形，地球联邦政府得知此事派遣两位“具有优秀战斗能力和素质的勇士”去消灭敌人，也就是魂斗罗一词的意思。游戏灵感来自1979年恐怖大片的鼻祖《异形》，主人公原型来自施瓦辛格和史泰龙，两人一路狂杀，从红鹰的地球叛军开始一直杀到异形的老巢，最后摧毁母体。完成任务后被直升机接走随即将岛屿炸毁。。。整个游戏就像是一部电影，游戏的结尾属于典型的动作片结尾，为80后90后玩家津津乐道经久不衰。魂斗罗一代日版的结尾如果按住特殊按键，会出现隐藏的异形恐吓信，大概意思为我们虽然失败了，但是我们还会再来的，由此引发二代——超级魂斗罗。不过到了二代，异形依旧被两位主角一顿虐。。