昌吉州第三中学成立于1982年9月,起初是一所面向全州招收维、哈族学生的全日制民族中学,2001年经州人民政府对中小学教育布局调整,将原昌吉州第四小学撤并到昌吉州第三中学。2005年起将学校的维语高中年级并入昌吉州第一中学,州直和昌吉市的哈语高、初中学生分别由昌吉市第一中学和第六中学负责招生,学校停办维语高中班,开始办汉族初中班,昌吉州第三中学被确定为全日制九年义务教育学校,实行民汉合校,开设民、汉教学班,进行双语教学。取消高中教育任务后,定为初级中学。近年来,在州教育工委、教育局的大力支持下,学校坚持社会主义办学方向,全面贯彻党的教育方针,大力实施素质教育,坚持德育为首,教学为中心、学生为主体,教科研为先导、面向全体学生、因材施教的办学思想。树立适应新课程标准的教学理念,深入开展教育教学改革,切实加强教学常规管理,努力提高“双语”教学水平,不断优化课堂教学,稳步提高教育教学质量,促进了学校整体工作的全面、协调发展。努力塑造具有教育教学特色、高质量、全疆有一定影响的民汉“双语”中学。