1、胃容受性减低。患者的胃容量明显低于正常人，存在胃感觉过敏。近年研究提示，这种感觉过敏与感觉传入通道异常有关，即正常的内脏传入信号在脊髓、脑的水平被放大，产生过强反应，引起消化不良。
2、胃肠道动力障碍。这是消化不良的主要病因，包括胃固体排空延缓、近端胃及胃窦运动异常、幽门十二指肠运动协调失常等胃肠动力障碍。、幽门螺杆菌感染。胃镜检查结果提示，约半数消化不良患者有幽门螺杆菌感染，但幽门螺杆菌感染与消化不良症状是否有明确的相关性还尚待研究。
3、精神因素和应激因素。这一直被认为与消化不良的发病有密切关系。调查表明，消化不良患者存在个性异常，焦虑、抑郁积分显着高于正常人和十二指肠溃疡组。