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盖亚假说的核心思想是认为地球是一个生命有机体。James Lovelock说过：「地球是活著的！」，而且地球本身就是一个巨大的有机体，具有自我调节的能力，为了这个有机体的健康，假如她的内在出现了一些对她有害的因素，「盖亚」本身具有一种反制回馈的机能，能够将那些有害的因素去除掉。何以见得呢？ 自地球形成以来的46亿年中，太阳辐射强度增加了约30%（其中5%增加于显生宙期间）。理论上说，太阳辐射强度增减10%就足以引起全球海洋蒸发干涸或全部冻结成冰。但地质历史记录却证明，地球上尽管发生过3次大冰期和大冰期内的暖热期交替变化，地表的平均温度变化仅在10℃上下。这就表明历史上地球存在某种内部的自我调节机制。当前大气种温室气体的浓度急剧升高，导致全球温度升高，理论上将导致陆地植被向两极扩展，面积不断增大，对二氧化碳等温室气体的吸收也越来越强，这又反过来降低了大气中的温室气体的浓度，即地球上现在也存在着负反馈机制。 地球似乎确实是一个“巨生命系统（Mega-life System）”。当然，这里所谓“生命”，决不仅仅指通常意义上的代谢和繁殖，而是指一个能够进行能量与物质交流并使之内部维护稳定的体系。按照这样一种观点，地球恰恰是这样一个有机生命体，他利用太阳的能量并且照行星的尺度进行一种新陈代谢作用。其中，生物起着至关重要的作用。假如地球上的生物突然不见了，所有构成地圈、水圈与大气圈的上百种元素将会彼此共同反应，直到没有任何更进一步的反应发生，从而达到一种平衡的状态。那么，地球这颗星球将会成为一个炽热、无水气的一片死寂之地，不再适合人类的居住。 通过与Lynn margulis长期的合作，James Lovelock的盖亚假说把共同进化论向前推进了一大步。它认为地球上的生命和其物质环境，包括大气、海洋和地表岩石是紧密联系在一起的系统进化。它把地球看作一个生理的系统，拉伍洛克甚至直接把盖亚假说称为地球生理学。正象生理学用整体性的观点看待植物、动物和微生物等生命有机体一样、地球生理学是把地球作为一个活的系统的整体性科学。 在Lovelock那个年代，正当环境运动者对人类社会所造成的环境污染批判不遗余力的时候，Lovelock这个说法后来成为世界地球日活动当中的重要宣传议题，藉此批评人类对环境的倒行逆施. 有趣的是，James Lovelock虽然是一个科学家，但是他的论点却引起许多科学同僚的批评，其中主要的批评就是他的论点不科学，因为他对生命的定义有违生物学家传统上的理解，例如对生命的看法是可以繁衍与生长，然而地球如何繁衍与生长呢？生物学家对生命的定义是可观察且可操作性的，而Lovelock的论调更像是宗教性的反省，具有一种强烈的价值判断在其中，将地球本身想象成女神的身体，森林是毛发，河流是血脉，肌肉则为土地，地球上的芸芸众生则转化成依靠女神身体的更微小的生物，顿时传统上生命与无生命的界线开始模糊了起来，原本科学家关于生命的定义逐渐受到质疑. Lovelock的「盖亚假说」相当程度挑战了古典科学观的认知方式，也提出了对「自然」的不同看法。 现在，随着盖亚假说的有些预测已经得到证实，对于前两层含义一般没有争论；而对于后三层含义就有很大的争论。主要集中在三个方面：1. 如果把盖亚作为一个负反馈调节系统，如何理解该系统的目标；2. 如何理解盖亚的自动平衡态，在地球的大气，环境等不断发生巨大变化时，它是如何保持自动平衡的；3. 盖亚作为一个整体系统，一直通过计算机模型和模拟实验来研究，而科学理论是需要实际研究的。
