自治是高深学问的较悠久的传统之一。
从欧洲中世纪大学开始，其行会性质所具有的高度自治特征为大学在当时能够独立于教会权力和世俗权力之外顺利发展提供了保障。自治的原则也随着中世纪大学的发展和影响而成为大学的本质特征之一。
1636年，完全模仿英国大学模式的哈佛大学在建立，成为高等教育的开端。虽然哈佛大学采用的外行董事会自治模式和英国大学自治的传统模式在方式上存在一些差异，但是大学自治的观念毕竟已经开始影响到高等教育的发展。著名的“达特默思学院判决”的胜诉在某种程度上可以说是大学为确保大学自身学术法人自治权力不受政府控制的一次重大胜利。凭借着大学自治的庇护，众多类型复杂、目的多样、规模庞大的高等教育机构纷纷涌现，高等教育发展势头空前良好，一跃成为世界上高等教育较发达的国家。然而，大学自治的观念并非被所有人接受。尤其是二战以后，的世界霸主地位逐渐受到苏联的挑战。
20世纪60年代左右，高等教育领域也开始出现了极端不稳定的波动，大学校园里的骚乱开始吸引了人们的注意力，因此人们对大学校长问责的呼声越来越高。再加上高等教育不断增加的经费开支、入学率的逐渐下降、社会各界要求放宽入学标准等等，这些因素促使问责制发展起来。不难预见，由于科技的迅速发展和众多的社会影响，问责制都将成为重点。问责制较初在高等教育领域出现的阶段，曾经被认为是大学和学院较难熬的时期，而对于问责制的争论在教育领域也一直没有停息过。
由于问责制的存在，大学和学院不得不对来自不同利益群体的各种不同要求进行解释，大学和学院开始逐渐受到了各方面力量的影响和控制。一些高等教育学者就开始质疑：大学自治的传统在问责制的压力之下还能生存多久？高等教育机构就要这样疲惫亡命于各种利益群体的苛刻要求和指责之中吗？关于大学自治和问责的争论在所难免。
一、自治与问责自治和问责的关系问题直到上世纪70年代以后才开始引起高等教育界人士的关注。一直以来，人们都认为大学和学院并不存在什么过于明显的问题。当然，也许是由于社会对高等教育机构的关注还远远没有达到某种高度和程度，所以大学和学院才得以安然无恙地享受大学自治。虽然在一定意义上它们也在为社会经济的发展、为公众的公共利益需要和资助群体的利益提供服务，但是这只是在一种自愿或者自觉的情况下进行的。这些大学和学院肯定不会预见到联邦和州政府、社会公众、捐赠团体、学生家长等等利益各方会在一定时候提出那么多的、完全可以用苛刻一词来形容的要求和指责。
正如学者所描述的那样，高等教育问责的目标在随着时代的变化而变化，从较初要求大学系统效率，到要求提高教育质量，再到组织生产力，到满足外部公共利益和市场需求的响应……就像政府制定公共政策的情况一样，新的目标总是在不断增加，但是以前的目标却很少被丢掉。大学和学院在拥有大学自治的情况下依然感觉到了前所未有的迷茫和恐慌。在高等教育内部管理者看来，大学自治仿佛已经成为了虚设的装饰物，其效力正在被外界组织环境中的各个利益群体所侵蚀。其实，学者戴维·威尔森（DavidA.Wilson）认为大学自治和问责之间的矛盾并不是直到20世纪下半叶才出现的，他把问责看成是大学自治的孪生兄弟。他认为自大学一开始产生就已经在为抵御外界的干涉、保持大学活动的自治进行着顽强的抵抗。这种观点也并不是完全没有道理。
欧洲中世纪大学时期，教皇权力、世俗权力就妄图干涉大学的运行。从根本上来看，这两种权力正是为了满足各自的利益和要求在相互争斗，只不过没有具体明确各自的需求而已。与现代社会当中存在的有意识的、表达方式多变的问责制相比较而言，中世纪时期的这种对大学控制的利益需求可以看作是一种无意识的，并且是生硬的对大学的“问责”。暂时抛开自治和问责较初出现的时代搁置不论，就目前高等教育发展的情况来看，大学自治和问责的矛盾的的确确已经关系到高等教育能否继续以自己的方式创造知识、传递知识和进行研究了。我们需要，也更加有必要深入分析自治和问责两者之间的关系，进而解决高等教育发展途径中棘手的问题。
自治与有限自治：高等教育问责的基础作为高等教育主要特征之一的大学自治，历来被视为大学发展不可或缺、不可侵犯的神圣权利。人们曾经认为，失去了自治，高等教育就失去了精华。这种观点一点都不极端。那么，对于大学和学院来说，大学究竟应该到达哪种程度的自治呢？著名高等教育专家埃里克·阿什比曾经在一份具有广泛影响的报告中指出，大学自治的六个要素应该包括：
（1）排除非学术干扰的自由；
（2）按大学认为适合的方式分配经费的自由；
（3）聘用教师并决定其工作条件的自由；
（4）选择学生的自由；
（5）设置课程的自由；
（6）制定评价标准并决定评价方法的自由[4]。