一般认为雌激素可能增加对发作的敏感性，引起月经期癫痫的发作，而孕激素可以增加抑制性神经递质的活性，使神经细胞的兴奋性下降，从而起到抑制发作的作用。从月经前期开始，雌激素和孕激素的比值逐渐上升，孕激素水平急剧下降故此阶段为发作高峰期。月经来潮后10天，孕激素水平达高峰，雌激素和孕激素的比值下降，故此阶段为发作期的低峰期。抗癫痫药物的代谢也随月经周期变化。目前的研究表明，月经性癫痫的发作多出现于月经前3天至月经早期的7天内，其机制为黄体期相对缺乏孕激素，而非雌激素过剩。此外，许多妇女在月经前出现手足肿胀以及体重增加，这种体内的水钠潴留，也可能是月经期癫痫发作的原因之一。