1、有毒物质和过敏原，其实我们食用的大部分食物都是含有毒素的，比如小麦等食物中的凝集素，土豆等食物中的皂苷，以及大部分豆科和藤本科植物都含有的鱼藤酮等，因为引入新的基因片段，就可能会放大了毒素的累积，这是一种未知的因素。还有就是过敏原，例如原本对花生等豆科植物中含有的酶过敏的人，会在本来不是豆科植物的食物中出现，这样，他们就根本不知道什么食物是可以食用的，或者会导致没有食物是可以食用的。

2、抗除草剂，转基因会培养出耐除草剂的作物，然而耐除草剂，不意味着不含除草剂，相反，因为耐受性高，大量使用除草剂杀死了其他杂草，但是除草剂却残留在了作物内，比如草甘膦，脂溶性会让它被积聚在人体内，长期食用的危害可想而知。

3、营养学的崩溃，原本用胡萝卜来补充维生素A，但转基因的黄金大米就含有大量的维生素A，原本说吃饭不能补充维生素A的理论也就不适用了，每种食物含什么比较多的对比也就没有了意义。如果不小心还会导致摄入的营养过多，或者不均衡，很多营养摄入过量也是有毒的，比如前面提到的维生素A，摄入过量会导致胃痛、肚泻、呕吐、头痛、肝脏肥大和视力模糊等症状。

4、基因污染，一粒种子就可能会演变成上千亩的作物，到了授粉期，随风飘散，自然杂交的可能性不是没有。那么产生出什么样的后代就不可控制了。

5、生物链的破坏，例如烟草中引入的苏云杆菌毒素，对蜜蜂的杀伤力极大，而蜜蜂被杀伤后，将影响到很多作物的授粉，从而威胁到某些草食性动物的食物来源，最终导致人类的食物来源受到影响，例如美国的很多作物都依靠蜜蜂授粉，转基因的这种自带抗虫基因的作物出现以来，蜜蜂只能依靠从别的国家进口了。