磁盘碎片整理程序的主要原理是，将硬盘上零散的数据有序的进行排列，以减少寻址时间，提高磁盘的访问速度，同时及时清理磁盘碎片文件也有助于保持硬盘的健康。
磁盘碎片整理的方法很多，可以通过WINDOWS自带的碎片整理工具进行，也可借助第三方碎片整理软件进行。
当然，碎片整理主要适用于HDD，而固态硬盘是无需进行碎片整理的。因为SSD的存储方式与传统机械硬盘相比是有着本质区别的。为了防止频繁读写某存储单元导致Flash老化，SSD内部都是采用了“损耗均衡”机制讲读写各个区块的次数平均化。对于SSD来说没有磁头驱动机构，其电子读写原理能很快找到任何数据。因此碎片整理的效果对于SSD来说微乎其微。此外由于SSD有着读写寿命限制，磁盘碎片整理会对硬盘进行频繁地擦写，会对SSD的寿命造成影响。