佛顶山是贵州东部仅次于梵净山的第二大高山，位于石阡县西南缘。与梵净山相同，历史上曾是黔东佛教圣地，且佛顶山自然保护区也是除梵净山国家级自然保护区以外，保存较好的中亚热带常绿阔叶林区。2014年12月19日，国家级自然保护区评审会在北京落下帷幕，经过30位专家投票表决，贵州省佛顶山晋升为国家级自然保护区。
自然保护区总面积12634.54hm，东西宽27km，南北长14km，地理位置为27°15′～27°25′N，107°56′～108°12′E。最高海拔高度1869.3m。保护区行政区域隶属于贵州省石阡县，主要包括坪山乡的佛顶山村、凤凰屯村，甘溪乡的平望村、铺溪村、扶堰村、泥山村，聚凤乡的宝龙村，中坝镇的高魁村。
佛顶山在大地构造上属扬子准地台，位于贵州东部十分醒目的华夏系断裂构造带上。区内出露地层为晚元古宇下江群浅变质岩，自下而上分为番召组及清水江组。番召组为浅灰至深灰色变质砂岩、变质粉砂岩夹板岩、浅灰至深灰色板岩、千枚岩夹少量变质砂岩、变质凝灰岩等，地层总厚2560m。清水江组岩性主要为浅灰、灰绿及深灰色变余凝灰岩、变质粉砂岩及板岩等，厚度大于2000m。佛顶山 (10张) 区内地质构造有褶皱、断层和密集的节理。本区主体由佛顶山背斜控制，轴向北东，轴长十余公里。西翼岩层产状平缓9°～30°，东翼较陡7°～50°。其北西、南东侧有两条北东向区域性光滑断层通过。佛顶山西北为红石枢纽断层，正断层，走向北东，断层面在区内倾向北西，倾角80°左右，区内约15km，断距200～1500m，形成于雪峰期。佛顶山东南为石阡枢纽断层，正断层，走向北北东倾向南东东，倾角70°左右，断裂破碎带宽20～150m，区内长约15km，形成于燕山期。佛顶山即是这两条大断层的上盘部分，为正断层组合构造地貌类型——地垒。除上述两条断层之外，以节理最为发育。有2～3组节理，一般宽度0.1～5cm，密度为1～10条/m，倾角45°～90°。大型节理与溪沟的走向发育状况一致。节理组把岩石割得非常破碎，状式“豆腐块”。