（1）半衰期不同（药效持续时间）：甲巯咪唑在血液中的半衰期是6小时左右，在甲状腺内的半衰期是21-24小时，而丙硫氧嘧啶的半衰期是40—60分钟。（2）甲巯咪唑可以较好的抑制自身免疫反应，降低血液中自身抗体的水平。这种作用应该说是对甲亢进行了更好的病因治疗，更有利于甲亢的控制，而丙硫氧嘧啶不具备。（3）丙硫氧嘧啶的优点有2点，一是起效快，这适用于甲亢危象的抢救，二就是它通过胎盘的能力较弱适合怀孕期间防复发用。所以治疗甲亢应首先甲巯咪唑片而不是丙硫氧嘧啶片。
由于半衰期的不同，服用这两种药也有区别：（1）甲巯咪唑这个药由于半衰期长，可以一次服用，比如医生让你吃1片或3片，可以不用分开服用，一次服和分开服效果是一样的，如果有的患者容易漏服建议你一次服。 （2）丙硫氧嘧啶半衰期短，那就要尽可能的分开服药，间隔的次数越多越好，比如医生让你每天吃3片或4片以上你需要分3-4次服，这样效果会更好一点。