分为五卫府和外卫府，中卫府，授刀卫四个部分。
五卫府是天皇行幸各地时天皇身边的警卫，同时也负责宫城的警卫和京城夜间的安全，常驻在京城，是京城的重要军事组织。本只有左右兵卫府，卫门府和左右卫士府五个府（因而得名“五卫府”），后因卫士府合并至卫门府且分立左右和新设立了近卫府而导致“六卫府”的出现，为左右近卫，左右卫门和左右兵卫。
卫门府曾经包括隼人司，但隼人司后来被编入兵部省。卫门府的成员为督-佐-尉-志四级，分别对应四等官中的长官，副官，判官和主典，其位阶表为：
从四位下左右卫门督左右各一人；
从五位上左右卫门佐左右各一人；
从六位下左右卫门大尉左右各二人，正七位上左右卫门少尉左右各二人；
正八位下左右卫门大志左右各二人，从八位上左右卫门少志左右各二人；
此外下属若干名医师，位阶为正八位下
兵卫府也采用督-佐-尉-志四等的编制，同样对应四等官。其职官位阶与卫门府相同，左右各下辖200名兵卫，负责宫中8个门的安全。
近卫府，整合了授刀卫并且主要从授刀卫发展而来，其职官与卫门府，兵卫府完全不相同，一般来说，每一级的位阶都要高于卫门府和兵卫府。为大将-中（少）将-将监-将曹四级，也都对应四等官。其职官的位阶设定为：
从三位左右近卫大将，各一人，是中纳言，大纳言的兼职；
从四位下左右近卫中将各1~4人，拥有藏人头，中纳言的叙任经历者较易担任；
正五位下左右近卫少将各2~4人，不过也有更高位阶者叙任的经历，叙任者较容易升任参议；
从六位上左右近将监各1~10人；
从七位下左右近将曹各4~20人；