危害因素
天敌团水虱
2013年广西北海市民发现位于廉州湾红树林基地部分红树林死亡。10月30日，北海林业部门及广西红树林研究中心专家到现场了解，发现329株红树枯死的元凶是团水虱，而虾塘排污是祸因。团水虱是一种钻孔生物，靠滤食悬浮在水中的浮游生物、藻类和细菌为生。广西红树林研究中心副主任周浩郎分析指出，污染严重、富营养化的湿地区域，会导致团水虱大量繁殖，为了觅食和寻求蔽护所，它们会钻入红树的气生根内部，钻空红树林的树根、树茎，从而造成红树死亡的现象。他认为周边虾塘排放的污水是污染的原因之一。
海鸭养殖
自2012年8月至今年7月，位于海南琼山的东寨港红树林自然保护区，因团水虱侵害约造成上百亩红树林死亡。厦门大学环境与生态学院研究员祝阁此前曾调查该地区集约化海鸭养殖对红树林及林内底栖动物的影响，调查结论认为，集约化海鸭养殖对红树植物的负面影响是显著的，幼苗、成年树的死亡率明显高于非养鸭区。
冻害
红树林除了面对人祸的威胁，还难逃天灾，冻害即是其一。2008年年初持续的低温天气致使广西北部湾各类红树林不同程度受灾，部分红树林死亡或濒临死亡，其中无瓣海桑、红海榄苗木死亡率更在95%以上，被专家视为“导致自然演替过程倒退”。
海岸变迁
另外，广西红树林研究中心主任范航清告诉《中国科学报》记者，红树林的分布变化也会随着海岸变迁而迁移，当海水侵蚀海岸或泥沙淤积抬高海岸时，原本适宜红树林生长的条件可能会变差。
外来物种
外来物种入侵也考验着红树林的坚强。杨娟举例说，互花米草的入侵曾经导致了福建云霄漳江口红树林滩涂不同程度的退化。一名南京农业大学农业资源与生态环境研究所研究生在其2008年的一篇论文中无奈写道：“福建省宁德市飞鸾湾20年前约有红树林150 公顷，现仅剩百余株，零星点缀在一望无垠的互花米草丛中。”