某天，月球突然爆炸并有七成完全蒸发掉了。
自称犯人，并扬言明年三月要将地球也炸掉的超级生物，
所来到的地方不知为何是中学的教室，并且在那里成为了教师。
各国的首脑无奈之下，将暗杀这个拥有超越人类理解范围的能力、连军队也杀不死的怪物的任务
委托给了这个班级——椚丘中学三年E班的学生。
突然现身的这位奇妙班主任老师所展开的第一学期课程开始了。
被称作“END的E班”的吊车尾班级的学生们，
通过在这个暗杀教室的过去从未经历的特别课程和种种试炼，
获得了新的同伴和羁绊，并且一点点得到了自信心。
之后，第一学期迎来尾声，暑假也终于迎来最后一天。
在全新开始的第二学期，3年E班的学生们，
能否在毕业以前成功完成对班主任老师“杀老师”的暗杀任务呢？