战争爆发后，里海海上交通线的安全问题变得越来越有意义。从1941年8月开始，这一任务成为里海区舰队的最重要任务。里海最主要的就是石油运输，是沿巴库-阿斯特拉罕、巴库-马哈奇卡拉、巴库-克拉斯诺沃斯克、巴库-古里耶沃几条航线进行。战区的局势变化，影响了运输航线的选择和运输的紧张程度。例如巴库-克拉斯诺沃斯克航线上一昼夜平均运输强度1941年为9艘船舶，而到了1942年则变为13艘船舶。除了运输是由外，区舰队在1941年7月-1942年年底，运送了携带武器装备和战斗器材的军队80万人。
随着几个方向海上运输不断增长以及德军对抗的加剧，区舰队的实力也不断得到增长，补充了扫雷舰、护卫舰、新式扫雷艇、护卫艇和装甲艇等，驻地配系也扩展到里海各个地域。
德军对于里海运输的破坏主要是用航空兵在阿斯特拉罕各交通要道上以及里海西北部的濒陆地带进行轰炸和布雷，这就要求对海上交通线采取预先保障措施，同时也不排除直接保障措施。预先保障措施包括侦察扫雷，在航线受威胁的地段、特别是巴库-阿斯特拉罕航线上进行扫雷，组织防雷观察和防空。
战区内的防雷与防空工作，自1942年下半年开始展开。包括加速准备防雷兵力与兵器（扫雷舰、接触和非接触式扫雷具、消磁站），在整个战区内组织防雷观察配系（专门设立的岸哨和浮动哨、观通哨、高炮连观察哨、灯船和渔船队哨）。防空方面则是配置海岸的和浮动的高射炮台和对空情报哨，并组织战区与巴库、克拉斯诺沃斯克和马哈奇卡拉的国土防空军协同行动。
而直接保障就是对航渡中的运输船队组织航行警戒和对空防御。战争初期，整个交通线的航行指挥都是由区舰队司令部实施，之后建立各海军基地后，在各基地范围内则由各基地指挥员实施。航行组织规定：从巴库和克拉斯诺沃斯克驶出的运输船艇在比斯查内角-马哈奇卡拉一线以南采取独立航渡。而在该航线以北，通常由1艘运输船和1艘警戒舰艇组成护航运输队航行，周建可以得到歼击航空兵的掩护。
1942年，里海区舰队保障了1200艘船只的航渡。德军飞机空袭了216架次，但被击落6架被击伤4架，仅仅是在阿斯特拉罕停泊场炸沉了几艘船只。1943年5月-7月，区舰队保障了1103艘船艇的航行，损失了3艘船只。而整个战争期间，里海交通线共运输物资5820万吨，其中5110万吨是石油制品。
战争期间损失扫雷艇3艘
ТЩЭМТЩ-21，原Спирин“斯普林”号，1943年5月11日触雷沉没
ТЩЭМТЩ-26 ，原Сурковец“苏尔科维奇”号；ЭМТЩ-37 ，原Комбайнер“联合”号，1943年5月10日触雷沉没