大同初，新喻侯萧映为吴兴太守，甚重高祖，尝目高祖谓僚佐曰：“此人方将远大。”及映为广州刺史，高祖为中直兵参军，随府之镇。映令高祖招集士马，众至千人，仍命高祖监宋隆郡。所部安化二县元不宾，高祖讨平之。寻监西江督护、高要郡守。先是，武林侯萧谘为交州刺史，以裒刻失众心，土人李贲连结数州豪杰同时反，台遣高州刺史孙冏、新州刺史卢子雄将兵击之，冏等不时进，皆于广州伏诛。子雄弟子略与冏子侄及其主帅杜天合、杜僧明共举兵，执南江督护沈顗，进寇广州，昼夜苦攻，州中震恐。高祖率精兵三千，卷甲兼行以救之，频战屡捷，天合中流矢死，贼众大溃。僧明遂降。梁武帝深叹异焉，授直阁将军，封新安子，邑三百户，仍遣画工图高祖容貌而观之。

其年冬，萧映卒。明年，高祖送丧还都，至大庾岭，会有诏高祖为交州司马，领武平太守，与刺史杨蒨南讨。高祖益招勇敢，器械精利。蒨喜曰：“能克贼者，必陈司武也。”委以经略。高祖与众军发自番禺。是时萧勃为定州刺史，于西江相会，勃知军士惮远役，阴购诱之，因诡说蒨。蒨集诸将问计，高祖对曰：“交趾叛涣，罪由宗室，遂使僭乱数州，弥历年稔。定州复欲昧利目前，不顾大计，节下奉辞伐罪，故当生死以之。岂可畏惮宗室，轻于国宪？今若夺人沮众，何必交州讨贼，问罪之师，即回有所指矣。”于是勒兵鼓行而进。十一年六月，军至交州，贲众数万于苏历江口立城栅以拒官军。蒨推高祖为前锋，所向摧陷，贲走典澈湖，于屈獠界立砦，大造船舰，充塞湖中，众军惮之，顿湖口不敢进。高祖谓诸将曰：“我师已老，将士疲劳，历岁相持，恐非良计，且孤军无援，入人心腹，若一战不捷，岂望生全。今藉其屡奔，人情未固，夷獠乌合，易为摧殄，正当共出百死，决力取之，无故停留，时事去矣。”诸将皆默然，莫有应者。是夜江水暴起七丈，注湖中，奔流迅激。高祖勒所部兵，乘流先进，众军鼓噪俱前，贼众大溃。贲窜入屈獠洞中，屈獠斩贲，传首京师，是岁太清元年也。贲兄天宝遁入九真，与劫帅李绍隆收余兵二万，杀德州刺史陈文戒，进围爱州，高祖仍率众讨平之。除振远将军、西江督护、高要太守、督七郡诸军事。

二年冬，侯景寇京师，高祖将率兵赴援，广州刺史元景仲阴有异志，将图高祖。高祖知其计，与成州刺史王怀明、行台选郎殷外臣等密议戒严。三年七月，集义兵于南海，驰檄以讨景仲。景仲穷蹙，缢于阁下，高祖迎萧勃镇广州。是时临贺内史欧阳頠监衡州，兰裕、兰京礼扇诱始兴等十郡，共举兵攻頠，頠请援于勃。勃令高祖率众救之，悉擒裕等，仍监始兴郡。

十一月，高祖遣杜僧明、胡颖将二千人顿于岭上，并厚结始兴豪杰同谋义举，侯安都、张亻思等率千余人来附。萧勃闻之，遣钟休悦说高祖曰：“侯景骁雄，天下无敌，前者援军十万，士马精强，然而莫敢当锋，遂令羯贼得志。君以区区之众，将何所之？如闻岭北王侯又皆鼎沸，河东、桂阳相次屠戮，邵陵、开建亲寻干戈，李迁仕许身当阳，便夺马仗，以君疏外，讵可暗投？未若且住始兴，遥张声势，保此太山，自求多福。”高祖泣谓休悦曰：“仆本庸虚，蒙国成造。往闻侯景渡江，即欲赴援，遭值元、兰，梗我中道。今京都覆没，主上蒙尘，君辱臣死，谁敢爱命！君侯体则皇枝，任重方岳，不能摧锋万里，雪此冤痛，见遣一军。犹贤乎已，乃降后旨，使人慨然。仆行计决矣，凭为披述。”乃遣使间道往江陵，禀承军期节度。时蔡路养起兵据南康，勃遣腹心谭世远为曲江令，与路养相结，同遏义军。大宝元年正月，高祖发自始兴，次大庾岭。路养出军顿南野，依山水立四城以拒高祖。高祖与战，大破之，路养脱身窜走，高祖进顿南康。湘东王承制授高祖员外散骑常侍、持节、明威将军、交州刺史，改封南野县伯。

六月，高祖修崎头古城，徙居焉。高州刺史李迁仕据大皋，遣主帅杜平虏率千人入赣石、鱼梁。高祖命周文育将兵击走之，迁仕奔宁都。承制授高祖通直散骑常侍、使持节、信威将军、豫州刺史，领豫章内史，改封长城县侯。寻授散骑常侍、使持节、都督六郡诸军事、军师将军、南江州刺史，余如故。时宁都人刘蔼等资迁仕舟舰兵仗，将袭南康，高祖遣杜僧明等率二万人据白口，筑城以御之，迁仕亦立城以相对。二年三月，僧明等攻拔其城，生擒迁仕送南康，高祖斩之。承制命高祖进兵定江州，仍授江州刺史，余如故。

五月，齐遣辛术围严超达于秦郡，高祖命徐度领兵助其固守。齐众七万，填堑，起土山，穿地道，攻之甚急。高祖乃自率万人解其围，纵兵四面击齐军，弓弩乱发，齐平秦王中流矢死，斩首数百级，齐人收兵而退。高祖振旅南归，遣记室参军刘本仁献捷于江陵。
七月，广陵侨民硃盛、张象潜结兵袭齐刺史温仲邕，遣使来告，高祖率众济江以应之。会齐人来聘，求割广陵之地，王僧辩许焉，仍豹高祖，高祖于是引军还南徐州，江北人随军而南者万余口。承制授高祖使持节、散骑常侍、都督南徐州诸军事、征北大将军、开府仪同三司、南徐州刺史，余并如故。及王僧辩率众征陆纳于湘州，承制命高祖代镇扬州。十一月，湘东王即位于江陵，改大宝三年为承圣元年。湘州平，高祖旋镇京口。三年三月，进高祖位司空，余如故。

十一月，西魏攻陷江陵，高祖与王僧辩等进启江州，请晋安王以太宰承制，又遣长史谢哲奉笺劝进。十二月，晋安王至自寻阳，入居朝堂，给高祖班剑二十人。四年五月，齐送贞阳侯深明还主社稷，王僧辩纳之，即位，改元曰天成，以晋安王为皇太子。初，齐之请纳贞阳也，高祖以为不可，遣使诣僧辩苦争之，往返数四，僧辩竟不从。高祖居常愤叹，密谓所亲曰：“武皇虽磐石之宗，远布四海，至于克雪仇耻，宁济艰难，唯孝元而已，功业茂盛，前代未闻。我与王公俱受重寄，语未绝音，声犹在耳，岂期一旦便有异图。嗣主高祖之孙，元皇之子，海内属目，天下宅心，竟有何辜，坐致废黜，远求夷狄，假立非次，观其此情，亦可知矣。”乃密具袍数千领，及锦彩金银，以为赏赐之具。九月壬寅，高祖召徐度、侯安都、周文育等谋之，仍部列将士，分赏金帛，水陆俱进。是夜发南徐诌讨王僧辩。甲辰，高祖步军至石头前，遣勇士自城北逾入。时僧辩方视事，外白有兵。俄而兵自内出，僧辩遽走，与其第三子頠相遇，俱出阁，左右尚数十人，苦战。高祖大兵寻至，僧辩众寡不敌，走登城南门楼。高祖因风纵火，僧辩穷迫，乃就擒。是夜缢僧辩及頠。丙午，贞阳侯逊位，百僚奉晋安王上表劝进。十月己酉，晋安王即位，改承圣四年为绍泰元年。壬子，诏授高祖侍中、大都督中外诸军事、车骑将军、扬南徐二州刺史，持节、司空、班剑、鼓吹并如故。仍诏高祖甲仗百人，出入殿省。

震州刺史杜龛据吴兴，与义兴太守韦载同举兵反。高祖命周文育率众攻载于义兴，龛遣其从弟北叟将兵拒战，北叟败归义兴。辛未，高祖表自东讨，留高州刺史侯安都、石州刺史杜棱宿卫台省。甲戌，军至义兴。丙子，拔其水栅。秦州刺史徐嗣徽据其城以入齐，又要南豫州刺史任约共举兵应龛、载，齐人资其兵食。嗣徽等以京师空虚，率精兵五千奄至阙下，侯安都领骁勇五百人出战，嗣徽等退据石头。丁丑，载及北叟来降，高祖抚而释之。以嗣徽寇逼，卷甲还都，命周文育进讨杜龛。十一月己卯，齐遣兵五千济渡据姑孰。高祖命合州刺史徐度于冶城寺立栅，南抵淮渚。齐又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘仕荣、淮州刺史柳达摩领兵万人，于胡墅渡米粟三万石、马千匹，入于石头。癸未，高祖遣侯安都领水军夜袭胡墅，烧齐船千余艘，周铁虎率舟师断齐运输，擒其北徐州刺史张领州，获运舫米数千石。仍遣韦载于大航筑城，使杜棱据守。齐人又于仓门水南立二栅以拒官军。甲辰，嗣徽等攻冶城栅，高祖领铁骑精甲，出自西明门袭击之，贼众大溃。嗣徽留柳达摩等守城，自率亲属腹心，往南州采石，以迎齐援。十二月癸丑，高祖遣侯安都领舟师，袭嗣徽家口于秦州，俘获数百人。官军连舰塞淮口，断贼水路。先是太白自十一月丙戌不见。乙卯出于东方。丙辰，高祖尽命众军分部甲卒，对冶城立航渡兵，攻其水南二栅。柳达摩等渡淮置阵，高祖督兵疾战，纵火烧栅，烟尘张天。贼溃，争舟相排挤，溺死者以千数。时百姓夹淮观战，呼声震天地。军士乘胜，无不一当百，尽收其船舰，贼军慑气。是日嗣徽、约等领齐兵水步万余人，还据石头，高祖遣兵往江宁。据要险以断贼路。贼水步不敢进，顿江宁浦口，高祖遣侯安都领水军袭破之，嗣徽等乘单舸脱走，尽收其军资器械。己未，官军四面攻城，自辰讫酉，得其东北小城，及夜兵不解。庚申，达摩遣使侯子钦、刘仕荣等诣高祖请和，高祖许之，乃于城门外刑牲盟约，其将士部曲一无所问，恣其南北。辛酉，高祖出石头南门，陈兵数万，送齐人归北者。