2016年女超、女甲俱乐部两次转会注册时间分别为：2016年1月1日-3月15日、2016年5月24日-6月15日。每支女超、女甲球队最多可注册3名外援，每场比赛可报名并上场2人，在第二次注册期内科进行调换，但可注册的外援人数不变。每支女超、女甲球队最多可转入6名国内球员（3+3），其中18岁-20岁球员至多3名，21岁以上球员至多3名。2016年女超联赛将于2016年4月2日开战，直至9月25日结束。此外，8支女超俱乐部还需要参加女超预备队联赛。2016年女甲联赛从赛会制比赛，改为主客场赛制，从2016年4月3日开战，直至9月24日结束。2016年女足足协杯将采取分阶段混合赛制进行，第一阶段将于2016年3月10日开打，采取分组单循环赛制。第一阶段前8名进入第二阶段，第二阶段将采取主客场淘汰赛制。决赛将于10月8日进行，为单场决胜制，在中立地点举办。2016年女足锦标赛将分为两个阶段采取混合赛制进行，时间为7月10日-11日、10月30日-11月5日，具体竞赛办法尚未出炉。2016年女足超级杯由女超冠军与锦标赛冠军参加，如两项赛事冠军为同一球队，则由锦标赛亚军参加，比赛采取单场决胜制，在中立地点举办，时间为11月12日。此外，女超女甲升降级附加赛安排在10月1日进行。