irish吧 关注:47贴子:120
  • 7回复贴,共1

step 2. sequence shaixuan

收藏回复

  • 82.110.213.*
Secondly we simply searched the species name in Genbank and found the numbers of sequence of each genera. these may include both ITS and non-ITS sequences of lichensed and freeliving algae. Then we download the sequences and the information of each sequence is shown in the list. Because Genbank data updated quickly, we have to update this list regularly. The sequences were first downloaded in March and updated in June 1st. There will be another update and new information will be added to the table.

Not all of the sequences can be used in this project, only ITS sequence of lichenlised algae are used. All of the sequence name are recorded in Genbank, it's easy to see which is ITS sequence and which is not. There are several ways to judge whether if the host lichen information is not given in genbank, including finding information in original paper and culture record in the website.

Trebouxia species table and Non-trebouxia table are separate. Trebouxia is the most commom lichen algae, most species of Trebouxia are lichenlised, we have relatively more imformation about Trebouxia lichen algae than non-trebouxia species in Genbank. Further more, it would be quite impossible to blastclust non-trebouxia ITS sequences because they can be varied too much to be grouped together. So, non-trebouxia species ITS sequence will only be a background information, BLASTclust will more based on Trebouxia species.


1楼2008-07-18 20:58回复
    • 82.110.213.*
    要写的东西有:

    1. Trebouxia & Non-trebouxia
    2. ITS & Non-ITS
    3. Lichenised & Non-lichenised


    2楼2008-07-18 22:45
    回复
      • 82.110.213.*
      Trebouxia & Nontrbouxia 放到第一部分


      3楼2008-07-18 22:47
      回复
        • 82.110.213.*
        只写筛选ITS和Non-ITS, Lichenised&Non-lichenised


        4楼2008-07-18 22:48
        回复
          • 82.110.213.*
          Green algae sequences downloaded from Genbank are all presented in the two tables. They are inevitably including ITS and non-ITS gene sequences of both lichenised and free-living green algae. Not all of the sequences can be used in this project, only ITS gene sequences of lichenlised green algae are used, due to the reason that has been stated in the literature review.


          5楼2008-07-18 23:12
          回复
            • 82.110.213.*
            Green algae sequences downloaded from Genbank are all presented in the two tables. They inevitably include ITS and non-ITS gene sequences of both lichenised and free-living green algae. Not all of the sequences can be used in this project, only ITS gene sequences of lichenlised green algae are used, due to the reason that has been stated in the literature review.

            In step 1 all of the gene names are recorded from genbank, it is a simple way to distinguish ITS sequences from other non-ITS sequences.

            There are 3 ways to judge whether a sequence is from lichenised green algae or free-living algae:
            1. A part of these download sequences are given their host lichen information in genbank. These sequences can be seen as lichenised. 
            2. For those that lichen information is not given in genbank, original paper were checked through for finding living environment and lichen information.
            3. Culture record sometimes could also give some information in the website.


            6楼2008-07-18 23:35
            回复
              • 82.110.213.*
              时态有问题,之前忘了用过去时.


              7楼2008-07-18 23:36
              回复
                • 82.110.213.*
                1楼1,3段都应该是第一部分的.


                8楼2008-07-18 23:38
                回复