鸣人得知自来也战死的消息而大为悲痛,为了替自来也报仇而决定前去妙木山修炼仙术。此时佩恩六道突然对木叶忍者村发动攻击,并几乎将村子毁灭了,连卡卡西也在和天道的交战中牺牲。学成仙术的鸣人回到村子,接连打败了六道中的五人,在与天道交战中由于目睹雏田为保护自己而重伤,导致体内的九尾暴走,此时鸣人的父亲第四代火影突然出现在鸣人的精神世界中,阻止了九尾。鸣人由于父亲的帮助而重新回到战场,打倒了佩恩天道。鸣人找到了佩恩们的本体长门所在的位置,说服长门重新找回昔日的理想,长门施展轮回天生之术让包括卡卡西在内的已经牺牲的木叶村人们复活,自己也因此而死去。鸣人由于保护了村子而成为英雄,得到村人们的景仰。