1912年，宣统皇帝退位，清朝灭亡。1914年，北洋政府决定在原国子监筹建历史博物馆，将从前属于清内阁大库的档案文书，统归历史博物馆所有，又一律搬迁入故宫午门外朝房里，或端门的门洞中储藏，之后仍然处于丢弃无人管理的状态。
　　就在这时，在北洋政府里任职的一些前清遗老们，想到储藏在午门外朝房里的原内阁大库文书中，曾夹带某些宋版、元版，以及明版书籍的残本零页，得之可卖大钱，于是偷偷潜入档案故纸堆中“淘宝”，还顺手窃取几许贵重的档案文本，这是清内阁大库档案遭致散失之始。
　　时至1921年左右，北洋政府财政危机，教育部拖欠教职员工薪金太多，教育部为筹措钱财，决定属于历史博物馆的原内阁大库档案，除留下一小部分外，装成9000麻袋，重约15万斤，作价4000银元，当作废纸卖给了京城西单牌楼北大街的同懋增纸店，用为重新造纸原料。纸店老板雇用50辆大马车，历时十余天，方把午门外朝房和端门门洞里的大库档案，搬运到广安门善果寺的库房里暂存起来。
　　大库档案出皇宫落入纸店后，李、张两姓伙计，竟然先行零售了档案文书，以一块银圆可买一件文书档案，顺利地卖出了1000余件；书店王子元重金买走了150斤档案；北京琉璃厂某位老板出钱200元，买走了一批“精品”。
　　同懋增纸店老版如此售卖，很快，内阁大库档案文书已散失成不足8000麻袋，约计12万斤了。著名古文物学家、古文字学家罗振玉得知后奔走筹措资金，以13000元高价，于1922年2月，从同懋增纸店买得余下所有的大库档案。随后，罗振玉对大库档案文书进行了整理与研究，汇编成十册《史料丛刊初编》，陆续印行于世，当即引发国内外历史学术界的极大震动。由此，清内阁残存的档案文书的历史价值被充分认识，王国维称清朝内阁大库档案为“自来未能有比者”的贵重的古物文书。

　　1925年7月，罗振玉除了留下一部分内阁大库档案之后，以16000元的价钱将余下的大库档案转卖给大收藏家李盛铎。
　　李盛铎买得大库档案后，有如烫手的烂山竽，因当时政局动荡，无法组织人力做学术研究，而继续保管因堆头太大，租房费用昂贵，遂决定出手卖掉了事。当时北京大学、清华大学及中央研究院史语所都无力出钱买下，唯一最有财力，又肯于出大钱买得的当属司徒雷登主持的燕京大学，并明确声言定要买到手。
　　大学问家陈寅恪得此消息，坐不住了，认为若此项档案文书散失于洋人之手，国人研究国史，将要“托于洋人”，实是“国之耻也”。1928年9月，陈寅恪找到傅斯年，上书提请中央研究院院长蔡元培，设法筹款买下清内阁大库档案。历经诸多周折，终在1929年9月，政府出钱22000元，从李盛铎手中买得幸存没有散失的大库档案，并归中央研究院所有，存放于北海的静心斋。1930年，清内阁大库档案移交给成立不久的故宫博物院所有。
　　1952年，从前散失于各地能够收集起来的内阁大库档案，都统一庋藏于北京故宫博物院，从前散存于罗振玉手中的大库档案，罗氏先运往旅顺，1936年交给了“伪满洲国”的奉天图书馆，现今庋藏于沈阳的辽宁省图书馆。
　　至此，历经磨难的清内阁大库档案，终于有了安全稳定的庋藏处所，供国内外学人翻查研究。