玛雅文明最大的谜是为何从热带雨林的丛林深处消失？在公元六百年，整个玛雅民族离开了辛苦建筑的城池，舍弃了富丽堂皇的庙宇、庄严巍峨的金字塔、整齐排列雕像的广场和宽阔的运动场。玛雅文明开始式微，征兆是不再雕刻石碑；以提卡尔而言，当地最后一块石碑完成于公元八六九年，整个玛雅区最后—块石碑则完成于公元九0九年。不但如此，神殿、宫殿等最足以代表玛雅文明的建筑也不再兴建，彩陶也不再制作，一般民众也很少兴建新房舍，城市四周的人口急遽减少，考古学家估计当时的提卡尔人口，至少减少了2.5％。
公元八世纪后，而任由枯草蔓藤侵入住宅和市街，使那变成了一片废园残景，究竟发生了什么重大变故，使得玛雅人抛弃了美丽的江山故国？虽然历史上也常见民族因战争而灭亡，但玛雅人的城市既不毁于战火，也不毁于天然灾难，这已经由历史学家证实了。
据说玛雅人在西历九0九年的某一天，百分之八0的人口突然明显地消失了，仅留下未建好的寺院。然后，自当天起，祖先的睿智也急速消失，残留下来的玛雅人开始变得无知与颓废。残留下来的人，一方面“啊咿啊咿”地叹息，一方面为传授大自然的神秘及发现执法人的消失而悲伤。
从一0世纪初期开始至一四九二年发现美洲大陆，约六00年间，中美洲的居民，深陷于因无知而起的战争，以及性与颓废的深渊中。十六世纪西班牙人进入犹加坦半岛之前，原来只有一种的玛雅语，已经分化成廿七种方言。
在提卡尔遗址上，考古学家发现许多覆盖于岩石及崩坏的拱形屋顶之下的坟墓，却未发现任何修复的迹象。附近神殿和宫殿的壁画也受到严重的破坏，石雕人像的脸部多半被削掉，石碑也被移作其它建筑的建材。这些现象证实有外族入侵，玛雅人根本来不及抵抗便溃退了。在犹加敦半岛，玛雅人于西班牙人入侵之前，就因流行病与内乱衰亡了，可是有关九世纪时灭亡的丛林玛雅的消灭，却至今都毫无线索可追寻。
当时的陶器不是突然放弃不再制作，而是放弃原来的制作方式，改制比较薄而质地更为精细的陶器。但是，这种陶器在使用不久之后，玛雅人也放弃了，原因可能与传统支配阶层崩溃，对陶器的需求性消失有关。
有一派学者认为是因为城内粮食不继，建于丛林中的玛雅帝国，在发觉此地无以维生后，便做了一次种族大迁徙，来到齐干伊莎（Chich'enItz'a）定居，又绵延两个世纪才灭亡。也有学者认为，玛雅帝国外受游牧民族的袭击，内部则因发生内乱，整个帝国在遭受巨变后，溃退逃散，然而何以胜败两方面都走得无影无踪？没有人能够找到合理的答案。
玛雅文明消失的原因众说纷纭，大多数人相信当时遭受地震、飓风的侵袭，加上人口爆炸、粮食不足、农民暴动和异族侵人等原因，造成玛雅文明的衰亡。但是，确实的答案还未出现，这个秘密的解开，有如拼图游戏一般，目前不过刚刚开始。