新生儿甲亢是由于母亲患有甲亢或桥本病，其体内有引起甲亢的抗体，在怀孕期间可通过胎盘进入胎儿体内，使新生儿生下来就有甲亢，有的可延迟到生后几周或更长时间发病。一般新生儿甲亢在生后6～12周可自然减轻或者恢复正常，随着体内抗体水平下降而缓解。还有一种少见的新生儿甲亢是由于促甲状腺激素受体(TSHR)基因突变引起的，TSHR结构的变异，使受体始终处于被激活状态，造成持续甲状腺功能亢进和弥漫性甲状腺肿大。