第一：真假难辨
面对硅藻泥品牌林立的市场，消费者往往难以辨别。净化室内空气、呼吸调湿、防霉杀菌、除异味等硅藻泥所具有的基本功能不够直观，并且很难界定效果的好坏，外行人很难通过简单地喷水等现场试验分辨真假，只有相对比较专业的人士才能系统的辨别，并且净化效果检测更是需要专业设备及专业人员检验，这样的话，硅藻泥好坏的鉴别就有了一定的难度。

第二：施工技术要求高
自己操作很难达到要求。因为硅藻泥对墙面的要求比较高，墙面必须平整、整洁、无脱粉现象，并对墙面材料的吸水能力也有均匀、统一的要求，不然会因为硅藻泥干燥速度不一致产生花色现象，并且要求在湿度低和通风良好的场所施工。由于硅藻泥的多孔透气，若直接在水泥墙上做硅藻泥容易产生返碱、发花现象，因此需要做底层封闭处理。这会增加施工难度和可操作度，必须要专业人员施工才能达到预期效果，而目前专业的施工人员还是比较匮乏的，只有真正的品牌企业才拥有自己的专属施工团队。
第三：价格偏高
硅藻泥的施工需要专业的硅藻泥施工技师做各种纹理和花色、图案，其专业能力相对要求较高，加之人员紧缺，因此硅藻泥施工的成本较高，硅藻泥的价格一般在200-500元/每平米，前期投入的成本较高。硅藻泥的使用周期相比乳胶漆与壁纸而言要长很多，大约在20--50年，长远来看，硅藻泥装修是比较划算的。但是假设消费者自身喜好多变需要经常更换室内家居环境布局及格调，使用硅藻泥的造价将会高出壁纸乳胶漆等。
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