在谈肾之前先谈一下三焦，因为这个对后面的论述很关键。三焦究竟是什么？自古以来众说纷纭，我个人偏向于三焦就是人体的油膜，覆盖五脏六腑这个观点。《内经》云：三焦者，决渎之官，水道出焉。但上中下三焦的水谷各有出路，相对独立，中焦如枢，大部分人都认为中焦如沤，但我认可沤是枢字误抄的观点，沤者久渍也，中焦为肺经之始营之源，水谷之精渗中焦而上行肺，焉能久渍？水谷于中土分清浊则上行胸中从膻中穴散上焦而出表，上焦如雾，下降至小肠上口从水分穴又可渗入下焦入膀胱，下焦如渎，上下均起于中，不正是枢纽吗？三焦虽然各有所司，但气是相通的，《难经》云：三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历五脏六腑。原气者命门火君火所化生之先天精气也。《针灸大成》云：三焦乃阳气之父。《内经》云：肾合膀胱，膀胱者，津液之府也。少阳属肾，肾上连肺，故将两脏。三焦者，中渎之府也，水道出焉，属膀胱，是孤之府也。有人说少阳是少阴的误抄，这显然是不对的，下文直接连接了三焦的条文，摆明是手少阳三焦之义。十二经纳天干歌诀云：三焦亦向壬中寄。另有歌诀云：三焦阳腑须归丙。《内经》又云：肾咳不已则膀胱受之，膀胱咳状，咳而遗溺。久咳不已则三焦受之，三焦咳状，咳而腹满不欲食饮。综上可知，下焦与膀胱、小肠是连在一起的，君火出下焦而为相火，元气通行三焦经五脏六腑把相火传送到全身。所以三焦是五脏六腑的卫士，一来覆盖脏腑成为一层保护，二来为五脏六腑输送原气和相火激发脏腑活力增强脏腑功能。
下面开始谈肾。关于左肾右肾命门的问题，在 《内经》中并无确切描述，统一称为肾，这一千古争议最早源于《难经》，其文云：脏各有一耳，肾独有两者，何也？然：肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸精神之所舍，原气之所系也，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有一也。很多人以此为据有了左肾右命门的学说。
在中国古代文化中，门是一种很重要的建筑形式，双扇的正门才能称作门，单扇的旁门只能称作户，而命门这么重要的门不亚于宫门，当然是正门，所以左肾右命门不是条文抄错了就是另有所指。
《内经》虽无左肾右肾命门之论，但命门何在还是给出了一些答案。其文云：七节之傍，中有小心。这个七节是从下往上数，在第二腰椎，正是督脉命门穴的位置。心者火也，小心就是指元阳。而命门为原气之所系，因此命门穴前两肾之间已经是命门的范畴。
命门不是一个点，它是一块类似丹型的区域，自古无数人都想炼出成型的内丹得道成仙。命门为精神之舍，精神之舍正是丹田，丹田乃精气神所藏之处。阴交、气海、石门、关元四个穴位都有丹田的别称，可见丹田就在这四穴之后，而丹田也是命门的范畴。
有一个穴位要特别说一下，神阙穴。神阙就是肚脐，胎儿阶段脐带以此连接母子为胎儿提供营养，而出生之后脐带剪掉此穴依旧有重要意义。灸神阙可以急救，让人仿佛回到胎儿的状态得到母体的力量。阙在中国古代是一种很独特的建筑形式，通俗说就是在正门外建两个高台也就是外大门，人从外大门进去才能到正门。神阙的意思就是神从这里过去到正大门，神在血中通过脐带血管进入胎儿体内，正大门是哪里呢？就是命门，前面已经说过命门不亚于宫门，只有重要的门外才有阙（此解释为个人注解）。
既然命门以门为名那么门究竟在哪里呢？男子精宫下有一门，平时闭而不开，交合之施由此门出，女子胞宫下有一门，平时闭而不开，交合之时受由此门入，怀胎生子也有此门出，这不正是生命之门吗？可见男子的精宫女子的胞宫都在命门中而且两宫之下门为命门的下开门，男子藏精女子系胞这里的系是约束的意思，所以这两句说的还是下开门的功能。明明是讲命门为什么要用两宫之下门来描述功能呢？这就涉及到一个男女的生理区别，男子以精为本，女子以血为本，命门是藏精神之舍，男子命门藏精不假，可女子命门精水很少，你不能说它藏精，说它藏血吧也不对，因为只有胞宫中冲脉血太多了冲破了血脉，血液混合命门的精水冲破了胞门的约束成为月经命门中才可能有血，所以干脆以两宫下门约束的功能来表达命门藏的功能，命门之称呼乃是以功能而命名，可不是只有两扇门，就像天安门，不光有门还有大城楼呢。而命门之元气要从连着膀胱的三焦之根散布出去，所以综合起来看命门的位置就呼之欲出，脐后命门穴前两肾之间下到关元，下开门于胞宫（男子精宫）上出胞宫（男子精宫）膀胱连接处之脂膜此空间是也。
既然左肾右命门之说确实有误，那为什么《难经》要这样写呢？这就要从命门与肾的关系说起。中医讲天人合一，人体就是小宇宙。种子在地里生根，受精卵着床生脐带，种子根吸精微和水，人体命门也藏精水，种子破土生一芽两叶，人生三焦两肾，芽主木气生长，三焦输元气助生长，叶子蒸腾水分，肾气升肾水，芽长成了大树，人就有了肝，树要呼吸需要天气，人就有了肺，树要阳光进行光合作用，人就有了心，人出生脱离了母体如同树离开了大地，要想生存就需要重新扎根，所以就有了脾胃中土，大地上水流纵横五谷生长，所以人就要水谷入胃以得土之滋养，谷落大地得水之润得日之温则分解化轻气升天，水流得风之吹拂日之温则化水气升天，地气上为云，水谷入于胃谷得水润得心阳之温则分解化谷气入肺，水得脾气之升提心阳之温则化水气入肺，天气凉则云聚为雨下，天气下为雨，肺宣发之后凉而显金性精水降而金生水，雨落大地渗土而达根养根，精水降得阳明降之助而归元为养。
结合临床运用，这段要详细说一下。在此之前先谈一下火的概念以方便接下来的论述，在物理学中，火的生成有三个条件，一个是热，一个是可燃物，一个是气助燃，三者称为火三角，而中医的火虽然不是真的身体里着火了但也符合这个理论，《内经》云：壮火之气衰，少火之气壮。壮火食气，气食少火。壮火散气，少火生气。我加上两句便于理解：热灼精生火，精分解化气。火必须借助气才能走窜。在中医理论中有两个火最为重要，君火与相火，关于这两个火也有很多争论，我个人理解在命门里的元阳就是君火，其余的火都是相火，因为皇上是不用出去的嘛，只要坐在宫里就行，外面的事都有宰相主管。《内经》云：君火以明相火以位。这句话是十分重要的，君火不是只要温阳就可以明，又要元阳足又要精水足才是有根才是真的明，君火明肾水才能又足又可以升起来水火相交，相火才能归元以位。
接下来说一下先天之精的问题，先天之精是一种有活性的东西，非一般之精微，一共藏在三个地方，一部分寄藏在男子睾丸，女子卵巢（睾丸附属于精宫卵巢附属于胞宫皆属命门），这部分对营养要求很高必须得天癸之滋养才能有所表现，男女有别，男人生下来没有精子，先天之精得后天天癸滋养得木火炼化(肝经走睾丸)而生精子，女人在卵巢的先天之精已经是卵子但不成熟不会排出，得后天天癸之滋养就成熟了才会排出，睾丸卵巢犹如植物的根块，得天癸（下一段着重讲天癸）滋养才会发育变大，一部分藏在在三焦的下面，得元阳炼化会变成元气，这部分先天之精的活性没有生殖部分那么强，浓度低的精水和自然之清气就可以滋养生长。还有一部分藏在骨髓中，这部分先天之精的活性也没有生殖部分那么强，浓度低的精水就可以滋养生长变成血液的重要组成部分。要说明的是，活力稍弱的先天之精不是只需要浓度低的精水，有天癸的滋养会生长的更好。《内经》云：谷入气满，淖泽注于骨，骨属屈伸，泄泽补益脑髓，皮肤润泽，是谓液。另有条文云：肠胃受谷，上焦出气，以温分肉，而养骨节，通腠理。另有条文云：五谷之精液，和合而为膏者，内渗于骨空，补益脑髓，而下流于阴股。可见骨的滋养有两个途径，一个是命门中的精水渗脊柱骨空而养，另一个就是上焦所出的富含精微的液在外内渗骨空而养骨。而骨髓得到充分滋养之后还会向外溢精气滋养皮肉。关于血液的生成，《内经》云：肉之大会为谷，肉之小会为溪。肉分之间，溪谷之会，以行荣卫，以会大气。另有条文云：中焦出气如露，上注溪谷而渗孙络，孙络津液和调，变化而赤为血，血和则孙脉先满，满乃注于络脉，皆盈，乃注于经脉。这里有个重要概念就是溪谷，是一个血液生成的场所。内经中有一些名词不好理解，我个人注解，分肉之间就是不同肌肉之间的连接凹陷是穴位的位置，腠理是皮肤上的缝隙和肌肉纤维之间的缝隙，肌肉纤维组成肌肉束，肌肉束之间的连接缝隙就是溪谷。个人理解就是毛细血管（孙脉）在溪谷与气分进行物质交换动脉血变静脉血，胃之大络名虚里主宗气在心下，脾之大络名大包主一身之络布胸胁会胸中营卫宗气散周身出于溪谷，故曰脾主肌肉，上焦出于理（肌肉纤维之间）的营卫也行于溪谷（因为肌肉纤维是肌肉束的一部分），故曰溪故之会，以行荣卫，以会大气，荣者有行脉中的有随卫出上焦的也有随宗气出溪谷的。毛细血管静脉血满了就向更粗的静脉流去。骨髓所溢精气外养皮肉同样会在溪谷进行气分血分的交换，所以可以变成血液的重要组成部分。
提到天癸，又要说一下了。《内经》云：女子二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子。男子二八肾气盛，天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子。天癸就出自这一段，后世对这一段的理解也是五花八门。我个人理解，天癸就是精微浓度高的液。《内经》云：五谷之精液，和合而为膏者，内渗于骨空，补益脑髓，而下流于阴股。小儿脾胃弱，运化生成的精微少，所以在上不能形成精微浓度高的液，等到了青春期，脾胃突进食欲大增，运化的精微多了则生天癸，天癸重，女子则任脉脉气得降而通。关于任脉历史上争议很多，内经虽然有起于胞宫的说法，但是督脉任脉一阴一阳，督脉向上大家意见一致，按理说有升就有降，况且任脉主妊，为阴脉之海，集阴精而养胞宫，应该是下行，看来这个问题是很难搞清楚了。土生金不仅生水，肺降归心还生血，冲脉为血海，故太冲脉盛，血溢胞宫混合精水宫门不固而来月经，任冲对于女性的意义是，任以养胞宫阴精，冲以养胞宫血，月事时下，精血常新而充足受精卵容易着床。任脉者妊也，所以在男子的论述中并未提及，天癸重，归元满则精宫之门不约溢泻遗精。
既然谈到了生殖问题，就以男子为例讲一下如何用中医的理论来解释性行为。有了欲旺木火动，想要勃起（肝经走阴器），木生火，心火旺则血热下行就勃起了（海绵体充血），木火加热睾丸排精子，归元之相火加热命门开精宫之门，精子就会到精宫中来与精液一起射精排出去。《针灸大成》云：人心湛寂，欲想不兴，则精气散在三焦，荣华百脉。及其想念一起，欲火炽然，翕摄三焦，精气流溢，并与命门输泻而出，故号此府为三焦。
下面具体一点来大概讲述一下人体的部分循环过程。命门中的精水可以养骨填髓可以滋养元气之精可以滋养睾丸卵巢，元气与君火向上出三焦，在元气的牵引下精水分于二肾就像根吸水一样，在两肾中精微在相火的作用下化肾气升清的精水，浊的部分排入膀胱，膀胱中的液体在相火的作用下精微又化气升清水浊液在气化作用下排出变成小便，清水入肾走肝出胆而为胆汁，肾中升起来的轻的精水在血分入肝而为清血，清血归心赤化而为真血，得肺胃之降达命门而出相火神气精微以归元，在气分入肺肃降后自然之清气合土生金之精水金水相生降相火走阳明而归元。《针灸大成》小周天心法云：扫除妄念，以静定为基本，而收返视听，含光默默，调息绵绵，握固内守，注意玄关，顷刻水中火发，雪里开花，两肾如汤煎，膀胱似火热，任督犹车轮，四肢若山石，一饭之间，天机自动，于是轻轻然运，默默然举，微以意定，则金水自然混融，水火自然升降，如桔槔之呼水，稻花之凝露，忽然一粒大如黍米，落于黄庭之中。此心法虽以任督之升降为主轴借元气相火练精化气以求玉液还丹，但所表达的过程依然是水火相交君火以明相火以位，因为无论任何升降，归元是必然的结果。
讲到这里，个人推测《难经》中左肾有命门之说可能是以下这种解释。在脉诊中，左尺侯肾右尺侯命门的诊法是正确的是千百年来得到过实践检验的，要说为什么，命门为根天一生水也是肾的根，应该是偏阴一点，左为阳右为阴。而《难经》为扁鹊所著，扁鹊乃脉诊之祖，所以左肾右命门之说很可能源于他的脉诊心得体会。
胞宫（精宫）与膀胱的约束大多数人说是肾气的作用，这样说也对，因为在内经中命门与两肾统称肾，我个人认为细一点说应当是元气的作用。元气的功能就是让脏腑功能变强，胞宫（精宫）作用是藏精水，所以元气就助它藏的功能，让它很厚实有弹性下门闭合的紧以约束精水，膀胱的作用是储存尿液，所以元气就让它变的很厚实有弹性输尿口闭合的紧而存尿。《内经》云：三焦者，入络膀胱，约下焦，实则癃闭，虚则遗溺。另有条文云：肾应骨。密理厚皮者，三焦膀胱厚；粗理薄皮者，三焦膀胱薄；疏腠理者，三焦膀胱缓；皮急而无毫毛者，三焦膀胱急；毫毛美而粗者，三焦膀胱直；稀毫毛者，三焦膀胱结也。这里说明了膀胱的生长发育与三焦的必然一致性，都是元气的作用。
最后说一个问题。《内经》云：肾者，胃之关也，关门不利，故聚水而从其类也。这句话虽然是出现在讲解水病的条文中，但是其引申意义是广泛的。水入于胃土生金而达肺金生水而归元，肺与胃的降是归元的主轴，在水病中命门积水就像花盆中水倒多了，土克水的功能已经饱和（土克水的功能就是土之精溶于水可以定水，土克水太过的常见于脾湿导致水黏腻不易运化），再往里倒水水就要溢出来了，溢出来就要水泛于胃，再严重就要泛于肺皮肤浮肿甚至水气凌心。《内经》云：肾者，至阴也，至阴者，盛水也。肺者，太阴也。少阴者，冬脉也。故其本在肾，其末在肺，皆积水也。另有条文接肾者胃之关之论云：上下溢于皮肤，故为胕肿。胕肿者，聚水而生病也。有的人肾水不足，虚火上逆，水火交于中土，阳明热而不降，这同样是肾为胃之关。具体条文记不得在哪里了，也许哪天无意间就翻到了吧。
