神秘的族群，在时代的进程中，渐次消亡。世居海上的疍家人，逐渐转化成水陆“两栖人”。在明清两代，环岛海域而居的大批疍人，相继朝渔民化转型。通过海南大学副研究员、历史学博士张朔人等专家学者的研究发现，伴随着身上传统符号的变换，日常生活的空间改变，海南疍民的造船技术和接受的社会教育等也发生了较大变化，以至于今天的人们，从海南的北岸到南岸，看到或单独游弋或结群而居的水上人家，都会产生是疍人还是渔民的疑惑。
居住：由水居到濒海
梳理史料不难发现，海南疍民身份变化的关键词是“渔民化”，其居住趋向是从水上、到岸边、再到陆地。这一显著变化始于明初，倭寇在海上活动猖獗，政府对疍民族群严加管制时。“编户立长，属河泊所，供鱼课”的刚性规定，使得以海为生的疍民群体沦为社会最底层，然而在此时段，海南疍民却基本脱离了贱民身份，向编户齐民下的渔民转变。
“脱离舟楫、濒海而居，在明清时期这已是海南疍民居所的主要特征！”海南大学副研究员、历史学博士张朔人说，万历时期，罗曰褧在其《咸宾录》中指出儋州、崖州疍民为“以舟楫为家，或编蓬水浒，谓之木栏”。从以上所引众多方志来看，罗氏描述的并非本岛疍民居所实情。
不仅如此，海南疍民的居住空间甚至有向城市拓展的迹象。张岳崧《道光琼州府志·海黎志》记载，在明万历二年（1574），有海盗攻入文昌县城，“军民商疍被杀掠者二千二百人”，这表明疍民有居住在城市的可能。
张朔人说，通览相关史册，可得出结论：明代中晚期以后，海南疍民的渔民化倾向已十分明显，陈梦雷对文昌“蜑，世渔户也”的判断，顾岕《海槎余录》中儋州近400只渔船在新场海活动的记载，都可以证明。此外，建筑简陋、室内陈设简单，竹瓦板壁的“疍家棚”，是海南疍民居住的集中体现，但无论是“屋头开门”、“屋顶出入”，还是濒海而居、码头活动，抑或居住城市，与闽广沿海地区禁止上岸的“水居”比较，都具有明显的进步性。