消毒工作是养殖场做好防疫工作的一个非常重要的措施，也是一项系统性技术性工作，通过消毒，可以达到杀灭和抑制场区病原微生物传播的目的。但实际工作中，相当一部分养殖场仍然对消毒不够重视、认识不充分，在进行消毒工作的过程中往往会粗枝大叶，急于求成，出现一些误区。主要有：
一、消毒药浓度越大越好。任何消毒药浓度，都具有其一定的科学性和合理性，浓度并非越大越好，在正常情况下，无论是环境消毒还是带畜禽消毒，正常的浓度就足以杀灭和抑制病原菌的繁殖和传播。如果消毒药的浓度过大，一方面造成消毒药的浪费，增加饲养成本；另一方面很容易导致畜禽的皮肤、粘膜、呼吸道的损伤，同时也有可能造成人员的伤害。
二、消毒液的配比不准确。在生产过程中，由于工作人员的随意性，在对消毒液的配制过程中不采取称量或使用有固定容积的容器，往往凭感觉，造成配比不准确，配制出来的消毒液的浓度不高既低，影响使用效果。
三、消毒药和消毒方法选择不当。在选用消毒药时应根据消毒的对象、目的和预防疫病的种类选择合适的消毒药和消毒方法。在实际生产中，很多养殖场由于工作人员不够重视或技术知识水平偏低，盲目选择消毒药和消毒方法，不得要领、别人用什么我用什么、别人怎么用我就怎么用，很少结合自身情况认真考虑所用的消毒药和消毒方法是否科学合理。
四、消毒不到位、不彻底。养殖场工作人员在消毒过程中操作不规范、不科学，如消毒速度过快、喷洒不均匀、不采取喷雾的方式，消毒范围没有覆盖圈舍棚舍的整个空间等，这样，无论是环境消毒还是带畜禽消毒很容易留下死角，不能全面起到消毒的作用。
五、消毒不同步。无论是环境消毒还是带畜禽消毒，应尽可能在大致固定的时间范围内进行。对于一个较大规模的养殖场来说，全场消毒一次大约在几个小时内即可完成。所以在消毒过程中，各畜禽饲养车间应同时进行同时结束，可以很好地起到消毒的作用；否则，病原菌就有可能扩散或传播，给场区的安全生产构成威胁。
六、不能彻底的贯彻和落实消毒制度及程序。养殖场在生产过程中，未制定科学合理的消毒制度和消毒程序，或由于工作人员执行不到位，造成不能彻底的贯彻和落实消毒制度和消毒程序，给养殖场的安全生产埋下隐患。
七、对人流、物流、车流的消毒不到位。对于规模化养猪场来讲，一般都采用封闭式的管理制度，但是生产实践中又不可能完全彻底的封闭，如何对人流、物流、车流进行彻底的消毒是任何一个养殖场都要面对的现实问题。如果这项工作做不到位，将是养殖场最大的安全隐患。
八、紫外灯、消毒池等利用不充分。许多规模化养殖场都设置有紫外消毒灯、车辆消毒池和员工消毒脚池等，但是在实际操作过程中往往出现如消毒池消毒药的浓度不够、不定期更换消毒液、消毒池消毒液不干净、员工不走消毒池、不开紫外灯、紫外灯照射时间不够等现象；这种现象如不加以杜绝，养殖场出现疫情是必然的。
九、长期使用一种消毒液，更换不及时。不同的消毒液对不同病原微生物的杀灭效果不同，同一种消毒液随放置时间的延长或使用时间的延长，消毒作用会逐渐下降，所以应避免长期使用同一种消毒液，消毒液要定期、及时更换，选择几种消毒液交替使用。这样可减少消毒中的病原盲点，使场区内尽可能多的病原微生物被杀灭或抑制。
十、消毒前清扫工作的误区。在空舍消毒前进行全面彻底的清扫工作已成为养殖场防疫中的基本常识，但清扫前，先用合适的消毒液喷洒包括粪污和垫料在内的全舍却极易被很多养殖场忽视。未经喷洒消毒的畜禽粪污、垫料等被清扫出栏舍后，如不及时规范处理很容易成为各种病原长期存活滋生的源头，给养殖场带来疫病发生风险。因此，清扫前预先对全舍喷洒消毒液也是整个消毒工作中的一个前期必要内容。
十一、对饮水消毒的误区。消毒液使用说明中推荐的饮水消毒是对畜禽饮水的消毒，是指消毒液将饮水中的微生物杀灭，从而达到净化饮水中微生物的目的。而有些养殖户则认为饮水消毒是通过饮用消毒液杀灭和控制畜禽体内的微生物，可起到控制和预防病情的作用，从而形成对饮水消毒的误区，有的用户长期使用，甚至盲目加大消毒液的浓度，给畜禽直接饮用，从而造成畜禽消化道黏膜损伤、肠道菌群平衡失调等不必要的麻烦。