白莲教的组织到了清代分布很广，黄河上下，大江南北到处都有，尤其是直隶、山东、山西、湖北、四川、陕西、甘肃、安徽等最为活跃。各阶层人民踊跃参加，在农村中则有“乡约吃教”，在城镇、集市则有“差役书办吃教”。当时教门派别很多，有清茶门教、牛八（朱）教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门，其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多，影响最大。它本身又分为许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂。领导人的名称也很多，有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”、“先锋”等等。它的这种组织形式，适应于秘密传教（有时也用经文编成歌词，配上民间小调，击渔鼓、打竹板，用说唱的形式传教），分散活动。
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清进关入主中原后，白莲教徒往往多以民族利益为重，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清廷严刑峻法的禁止。但是，在顺治、康熙、雍正三朝及乾隆时期，白莲教的反清复明活动，始终没有间断过。
在明清时代数以百计的白莲教支派中，最有影响的是明代出现的无为教、黄天道、大乘教、红阳教和清代出现的天地门教，八卦教、在理教、先天教等。
在明清时代民间秘密宗教世界最为著名的人物有罗清(罗祖)、李宾(普明祖)、王森(石佛祖)、韩太湖(飘高祖)、董计升(董老师)、刘佐臣(圣帝老爷)、羊宰(羊祖)等。对白莲教宗教理论体系最终形成起过重要作用的民间秘密宗教理论家是罗清、弓长与木人。

儿臣荣亲王、刑部侍郎爱新觉罗治和谨奏
恭请皇父圣安
臣蒙皇父优容，自出宫入刑部历练，至今日得封亲王爵，资质鲁钝，无非常之才，但以皇父怜臣幼失依恃，赐臣今日之位。臣铭感五内，唯克勤克俭以图家国，方不负皇父隆恩。
今有沭阳县民周运鉴叩阍，控告降职太常寺少卿胡简敬父子居乡不法，强占民人妻女田产，诬良为盗，而江苏巡抚洪之杰瞻徇庇护，不即举结。臣奉命察勘，鞫实具疏。
元朔八年恭呈御览
（避讳字皆以缺笔代）