上面就可以把方舟子的半生轨迹描绘出来。

接下来讲解一些他的著名打假事例。

2013年年底，方舟子和崔永元两人对于转基因食品的安全性展开了争论，随后，方舟子对其挂靠在中国红十字会下的崔永元公益基金提出质疑，2014年7日北京市民政局在微博公开对方舟子举报信的回复，称北京市民政局不具有对崔永元公益基金的管理权限，并建议举报人向民政部进行反映。

2014年1月，方舟子认为擅长速算的智障青年周玮是骗子，其速算答案是背的。[12]但是据专家组介绍，他们给周玮心算的题目类型有很多，包括多位数乘法、乘方运算、开方运算等。方舟子提出的 “让他开个3次、4次方”这类运算也测试了，结果周玮都能算出来。除了心算测试，专家组还给周玮做了记忆力测试，发现他的记忆力并没有超出常人。这就间接证明了：他不是靠记诵答案来答题的

2013年11月，方舟子对林志颖声称某品牌胶原蛋白饮品是他本人带领团队研发一事提出质疑，认为该产品林志颖团队自己研发，并认为林志颖自称“Dr.Lin、林博士”是欺诈行为

2010年7月，方舟子在微博上首先揭露“神仙”李一表演的“神通”有假，其养生班有骗财骗色的嫌疑，并涉及到一大批被认为是李一弟子的名人。

方舟子质疑，360安全浏览器根本不安全，在使用过程中会收集用户大量隐私，并且被媒体屡次曝光产品缺陷问题

方舟子质疑唐骏学历造假。他指出：“一、加州理工学院计算机系校友名单中没有此人。二、美国大学博士论文数据库中找不到此人的论文。

方舟子认为肖传国在简历中存在多处造假和夸大现象，例如将“临床副教授”称为“副教授”、将学术会议的文章摘要当成是学术论文、虚称获得“国际神经泌外最高奖”等。[17]后肖传国以方舟子撰文污蔑“严重损害了自己的名誉权”为由告上法庭，最终方舟子败诉并被法院强制执行赔偿

方舟子批评李开复在简历中拔高自己，将自己称为是“卡内基美隆大学最年轻的副教授”，实际上其只是获得助理教授的聘任意向，真实的工作职位是“研究计算机科学家”、夸大自己在微软中的重要性、未曾有一天在乔布斯身边工作，却自称是乔布斯的学生、虚称和奥巴马是同学等

方舟子认为韩寒的作品是别人代写的，并且韩寒在身高上造假，使用了增高鞋和假发。[21][22]但是部分网友认为韩寒身高没有造假，认为方舟子“无理取闹”。北京大学教授孔庆东也参与了韩寒身高之争，认为方舟子此说法不合理。有网友直言方舟子看不出那球杆是斜的，微博网友大部分认为方舟子如此费尽周折“打假”太无厘头。

方舟子称乐嘉的“性格色彩学”剽窃了美国人Talor Hartman的“性格密码”学说，而且乐嘉的母校阿姆斯壮大学是野鸡学校。

2009年10月，方舟子称杨玉良虚称自己获得联邦德国Leibniz大奖，而实际上获奖的是Hans Wolfgang Spiess，杨玉良只是Spiess教授研究组中的博士后。