远征曼兹克尔特
罗曼努斯四世并未直接在亚美尼亚同突厥人作战，他转而在公元1068年亲自率军在叙利亚作战。在第二年，他进军亚美尼亚，但是突厥人的军队太过于零散以至于无法被拖入到一场决战中。历史学家和廷臣米哈伊尔·普塞洛斯一直在为杜卡斯家族出谋划策，而他被迫参与了这次远征。他不公平地诽谤罗曼努斯四世，指责他：“不知道要进军哪里，也不知道要干些什么”。不过，这次远征为改进军队的运作效率提供了一个机会。
罗曼努斯四世未能在这次远征击垮突厥人，而且杜卡斯家族因此开始公开地反对他。在公元1070年，他根本没法离开君士坦丁堡，因为他在首都的地位很不稳定。于是，罗曼努斯将这一年的远征的指挥员交给了曼努埃尔·科穆宁努斯，后者正是未来的拜占庭皇帝亚历克修斯一世·科穆宁努斯。不幸的是，这次远征以失败告终，曼努埃尔的军队被突厥人击败，他本人也被突厥人俘虏。令人惊讶的是，曼努埃尔说服俘虏他的突厥人将领将他释放并且叛变到拜占庭帝国一方。罗曼努斯四世给予这些突厥人荣誉和头衔作为奖励，并且将他们征召进他的军队。曼努埃尔的成功策反为罗曼努斯四世重新获得一些政治资本，不过，这明显不够。罗曼努斯四世还需要一场决定性的胜利，不仅是为了保卫亚美尼亚，也是为了保护他的王冠。
公元1071年的夏天，罗曼努斯四世决定决定做一场豪赌，以一次大规模的东部远征来迫使突厥人同拜占庭军队进行正面对决。所有当时的历史学家都提到了这次军队的规模。埃德萨的马修荒诞地声称拜占庭军队有一百万人；瓦达佩特则记述到：“难以计数的大军”。这支军队由东部和西部的军区部队，雇佣兵，亚美尼亚人征召兵和安纳托利亚大地主们的私人部队，以及工程器械，坑道工兵，工程师。罗曼努斯四世必须将最近被突厥人攻占的亚美尼亚堡垒一一收复。总之，这支军队大概有四万人的作战部队，不过，和其他中世纪军队一样，随军还有数以千计的平民，仆人，搬运工和随营者，这支军队的规模无疑相当大。
尽管曼努埃尔·科穆宁努斯在1069年的远征并未成功，大塞尔柱帝国的苏丹阿尔普·阿尔斯兰当时就试图同拜占庭人签订和平跳跃。阿尔普·阿尔斯兰继承了阿巴斯哈里发王朝的对拜占庭帝国的军事力量的谨慎重视，并且将埃及的法蒂玛哈里发王朝视作是任何情况下的主要敌人。因此，他无意在不必要的情况下去激怒拜占庭人。根据双方的和平条约中的条款，阿尔普·阿尔斯兰承诺会阻止塞尔柱人对拜占庭领土的掠夺。不幸的是，尽管阿尔普·阿尔斯兰贵为苏丹，他无法控制塞尔柱人的掠夺者。大部分塞尔柱人部族依旧保持了他们在中亚时的游牧传统，他们只在被强迫时和符合自己利益时才会倾向于承认苏丹的权威。他们的掠夺行为和长期内斗让他们对他们的邻居和大塞尔柱帝国而言是一群讨人厌的东西，因此，为了维持秩序，那些最为桀骜不驯的突厥蛮人部族被赶到了塞尔柱苏丹国的边境地区。他们在那里得到攻击和掠夺异教徒领地的授权，塞尔柱人对安纳托利亚的掠夺行为因此有增无减。
在1071年的2月，罗曼努斯四世派遣大使前往阿尔普·阿尔斯兰的宫廷，来更新1069年的和平条约。随后，罗曼努斯四世的大使团来到正在围攻埃德萨的塞尔柱苏丹的营地。阿尔普·阿尔斯兰热衷于让他的北方地区免于被拜占庭人进攻，因此，他很高兴地同意了相关的条款，并且放弃了对埃德萨的围攻。此后，他立即率军南下，去进攻法蒂玛哈里发王朝的叙利亚行省的阿勒颇。更新和平条约是罗曼努斯四世计划的关键一环，这可以让塞尔柱苏丹在很长时间转移注意力，而罗曼努斯四世可以利用这段时间来率军进入亚美尼亚并且收复那些被塞尔柱人在之前夺取的要塞。在那之后，他已经确保了东部边境的安全并且让后方得到稳固。此时，他将处于一个完美的战略位置，他可以去进攻试图通过托罗斯山脉进入安纳托利亚来阻止他的塞尔柱军队，或者，他可以沿着幼发拉底河的河谷地带深入到塞尔柱帝国的核心地带。在7世纪时的拜占庭皇帝希拉克略当年的战略正是后者。无论如何，罗曼努斯四世将获得战略优势，而阿尔普·阿尔斯兰将处于被动并且暴露弱点。就我们的标准而言，罗曼努斯四世在更新和平条约的同时准备战争的行为是欺骗性的，但是，在战争中使用欺骗战略是拜占庭人十分重视的一种能力。拜占庭人的战术手册中经常提到使用计谋，欺骗和谈判来避免战争和获得优势。罗曼努斯四世的大使团无疑可以去评估塞尔柱苏丹的大军的实力，营地中的情绪和苏丹本人对战争的热情。
罗曼努斯四世满意于他的计谋的成功，他在1071年的3月在君士坦丁堡外征召他的军队，诺曼人，库曼人，突厥人，保加尔人，德意志人，佩切涅格人，拜占庭人，亚美尼亚人，叙利亚人，瓦兰吉人，乌兹人和罗斯人都加入到大军中。拜占庭军队一直是多样化的，对于中世纪的世界各地的职业军人而言，拜占庭军队声名远扬而且十分有吸引力。在拜占庭军队向东进军的沿途，它依旧在征召新兵，许多突厥人都乐意为拜占庭帝国效力。罗曼努斯四世的军队的士兵们是没有问题的。不幸的是，他的许多军官的忠诚是非常值得怀疑的，特别是那些杜卡斯家族和他们的盟友们，这些人在军队中担任着关键职位。在行军中，阴谋破坏似乎就在不断发生着，比如，对他的个人的行李运输车，这使得罗曼努斯四世不得不独自驻扎在大军外。当大军抵达亚美尼亚时，军队中的紧张局势愈演愈烈。

曼兹克尔特战役
当拜占庭军队在7月抵达狄奥多西波利斯时，罗曼努斯四世得到报告称：他远征的消息让阿尔普·阿尔斯兰放弃对阿勒颇的围攻并且在手忙脚乱中向幼发拉底河撤退。许多塞尔柱苏丹的部队已经被抛弃了，他现在只有人数大为缩减的1万到1万5千人的军队。罗曼努斯四世拒绝了他的一些将领的建议—在狄奥多西波利斯等待塞尔柱人的军队，他下令军队向塞尔柱人控制区里的曼兹克尔特。罗曼努斯四世认为塞尔柱人会从南方向北进军，因此，当他在8月末来到凡湖地区时，他将军队一分为二：约瑟夫·塔察尼欧提斯率领他的军区部队去保护通往齐拉特的南方道路并且防备塞尔柱人的进攻；他则向东进军，围攻曼兹克尔特。当拜占庭军队出现在视线中时，曼兹克尔特的突厥人马上就投降了，罗曼努斯四世则停下来并且等待塔察尼欧提斯的消息。
罗曼努斯四世的关于阿尔斯兰从阿勒颇撤军的情报是正确的。塞尔柱苏丹从拜占庭的大使团中得知罗曼努斯四世的远征，而这个消息达到了预想的效果。阿尔普·阿尔斯兰马上就意识到了危险，他结束了围攻并且匆忙进军亚美尼亚。由于，阿勒颇是富裕的城市，掠夺其中财富的想法使得塞尔柱苏丹征召了大规模的军队，而在亚美尼亚对抗拜占庭军队对许多人而言没有利益。随着阿尔普·阿尔斯兰向亚美尼亚进军，他的军队渐渐瓦解。当他抵达幼发拉底河时，他的军队只剩下大约1万人。在强行军后，阿尔普·阿尔斯兰在8月末抵达亚美尼亚。他在沿途额外征召了部队，不过，他的军队人数大概只有罗曼努斯军队的一半。塞尔柱人相对于拜占庭人只有一个优势，他们的情报要好得多。四处游荡的塞尔柱骑手们不间断地向阿尔普·阿尔斯兰报告拜占庭军队的行进。和罗曼努斯四世不同，阿尔普·阿尔斯兰十分了解他的敌人在哪里，相应地，他也做出了自己的计划。
虽然罗曼努斯四世忙于围攻曼兹克尔特，塔察尼欧提斯的军队地区遭遇到了一支从南方前来的大规模的塞尔柱军队。塔察尼欧提斯在没有和罗曼努斯四世商议的情况下，他选择不作战并且向西方撤退。他的部队并没有参与之后的战役并且返回了君士坦丁堡。罗曼努斯四世并不知道他的一半军队已经远离战场，他在公元1071年8月24日和塞尔柱人的主力大军遭遇，随即双方开战。这次战役持续了两天。在第一天里，塞尔柱人的军队和尼斯福鲁斯·布莱恩尼奥斯率领的西部军队进行了一场激战。布莱恩尼奥斯成功地将他的军队解救出来并且有序地撤退。不过，狄奥多西波利斯的总督尼斯福鲁斯·巴西拉克斯的部队被伏击，而且他本人被俘虏。罗曼努斯四世决心同塞尔柱人正面对决，他在第二天下令让所有部队参战。罗曼努斯四世的战役布局是教科书般的：他和瓦兰吉卫队以及众多雇佣兵坐镇中央；布莱恩尼奥斯指挥着左翼；狄奥多尔·阿亚提斯指挥着右翼。突厥人和乌兹人的辅助部队则作为轻骑兵，掩护拜占庭的主力部队。安德洛尼库斯·杜卡斯指挥下的预备部队则布置在主力后面。
塞尔柱人在拜占庭军队前摆出了新月阵形。阿尔普·阿尔斯兰则在附近的山顶上指挥全军，他在那里可以环视整个战场。
罗曼努斯四世以稳步向前来发起战斗。塞尔柱人则向拜占庭人倾泻箭雨并且边战斗边后撤。两军的侧翼都进行了交战，不过，双方都没有获得优势。随着黄昏降临，罗曼努斯四世下令停止进军，拜占庭人开始有序地撤退回营地。当拜占庭人开始撤退时，塞尔柱人对他们的两翼发起猛烈的攻击，拜占庭人的右翼在塞尔柱人的重压下在混乱中被击败了。此时，安德洛尼库斯·杜卡斯率领的预备部队并没有去增援罗曼努斯四世，而是撤退到战场外。于是，拜占庭人全面溃败，尽管尼斯福鲁斯·布莱恩尼奥斯指挥下的左翼保持了完整，拜占庭的中央被塞尔柱人击败，而且罗曼努斯四世本人被俘虏。

拜占庭部队的损失
阿尔弗雷德·弗兰德利，爱德华·福尔德和约翰·诺维奇等后世的历史学家的技术让我们印象深刻地以为拜占庭军队在曼兹克尔特全军覆灭。尽管曼兹克尔特战役拥有十分重大的影响，当时的拜占庭人和亚美尼亚人的资料中，拜占庭军队中的大多数在这次战败前要么没有赶到战场，要么做了逃兵，要么早就撤离了。从中世纪的资料中是很难估计战役中的伤亡的，当时的人倾向于夸大死亡人数来作为道德上的劝解。不过。根据历史上的拜占庭军队规模和我们所知的众多参与者的命运，我们能大概估计出拜占庭帝国的损失。
1.塔察尼欧提斯的军区部队为主的军队大概有两万人，其中的大部分军队并没有同突厥人作战，而且在战役开始前就向君士坦丁堡撤退。
2.鲁塞尔·德·巴约勒的5百人的诺曼人佣兵团在齐拉特的沿途进行侦查，几乎完好无损地逃走了。
3.大概1千人的突厥语族的乌兹人佣兵团在1071年8月25日的决战前就逃走了。
4.安德洛尼库斯·杜卡斯的大概5千人的预备部队，其中大部分是安纳托利亚的征召兵。他们在大溃败前就逃走了。
5.尼斯福鲁斯·布莱恩尼奥指挥下的5千人的左翼在大溃败之后成功地杀出战场。根据合理的推测，包括第一天的损失在内，他们大概伤亡1千人。
6.罗曼努斯·戴奥真尼斯和瓦兰吉卫队被击溃并且被俘虏。我们必须假设大部分瓦兰吉人都战死了，因为阿尔普·阿尔斯兰在释放罗曼努斯四世时为他提供了新的护卫队（不过，这是当时的惯例）。尽管如此，曼兹克尔特战役中瓦兰吉卫队应该不超过5百人，因为，在君士坦丁堡，米哈伊尔七世·杜卡斯依旧有一支瓦兰吉部队。
7.在中央的2-3千人的突厥人佣兵团则忠于罗曼努斯四世并且几乎死光了。
8.以亚美尼亚部队为主的右翼在战场上处于劣势，而且最先被击垮。因此，我们必须假设他们中的大部分人阵亡了。我们还知道有一部分亚美尼亚人部队在战斗期间做了逃兵了。除去伤亡和逃兵，大概只有1千人的部队撤离了战场。
9.罗曼努斯四世在营地中只留下了象征性的留守人员来保护辎重和非战斗人员。根据罗曼努斯四世的参谋部的秘书米哈伊尔·阿塔莱阿提斯的记载，当预备部队和右翼的幸存者抵达营地并且告知罗曼努斯四世的战败，这里马上就被放弃给了敌人。由于决战在黄昏时，当突厥人来到营地时，幸存者可以借着夜晚的掩护逃离，前往临近曼兹克尔特的安全地带。
由上文可知，拜占庭人在曼兹克尔特战役中的伤亡大概在8千人。如果我们将当了逃兵的亚美尼亚人和乌兹人的辅助部队算上，大概有3万人从这次战役中幸存。假设拜占庭帝国在1071年的总兵力是10万人，其中还有大概5万人的驻军和军区部队在帝国境内，那么，曼兹克尔特战役大概让拜占庭帝国损失了他的总兵力的20%。这并不是不可接受的重大损失，而且这可以通过从军区中征召当地士兵来快速补充。更何况，中世纪世界的各地的职业士兵还会继续被吸引到拜占庭帝国。不过，曼兹克尔特战役的战败让拜占庭人失去了亚美尼亚的兵源地，而这时拜占庭军队的一个关键来源。最初，突厥人自己将补上这些空缺，不过，那造成了一些并发症。

亚历克修斯一世·科穆宁努斯统治下的统一和疏忽
亚历克修斯一世对拜占庭帝国在安纳托利亚的统治的瓦解表现出一种矛盾态度．的确，罗伯特·吉斯卡尔才是亚历克修斯一世的皇位的最大威胁，不过，诺曼人在公元１０８４年被击败后，他依旧没有尽力去收复安纳托利亚。作为皇帝的他的第一批行动之一就是给那些依旧在对抗突厥人的掌握有领土的大贵族写信，他承认他们的财产并且要求他们继续全力抵抗。这纯碎是个政治行动：亚历克修斯一世知道那些安纳托利亚大贵族是他的潜在敌人，在他面对罗伯特·吉斯卡尔时，这些人需要得到安抚。随后，他进行了一场短期战役来清除比提尼亚沿海的游荡的突厥人，然后，他同罗姆苏丹苏莱曼签订了和平条约，而苏莱曼苏丹同意阻止突厥人向西的掠夺。亚历克修斯一世就这样有效地减轻了突厥人对他的领土的压力并且让突厥人和他的那些安纳托利亚的敌人作战。突厥人的持续进犯最终让费拉里图斯的奇里乞亚没法防御，在公元1086年，他被他的儿子推翻，后者将安条克献给苏莱曼苏丹并且皈依为穆斯林。同样的，狄奥多尔·迦波拉失去了从帕弗拉格尼亚的卡斯塔缪尼到锡诺普之间的所有领地，只是作为格鲁吉亚的附庸国而保留了特拉比松。
在亚历克修斯一世确保了东部边境的安全后，他转而向西作战。罗伯特·吉斯卡尔是拜占庭帝国皇位的合法继承人君士坦丁·杜卡斯的岳父，因此，他理所当然地将亚历克修斯一世视作是篡位者。为了保护他的权力，在公元1081年的6月，罗伯特·吉斯卡尔率军登陆希腊地区，并且开始围攻底拉西乌姆。诺曼人和拜占庭人之间的军力不平衡是显而易见的。罗伯特·吉斯卡尔能够利用诺曼人的意大利和西西里的大量资源并且可以利用拜占庭的反对者和叛乱者的力量。亚历克修斯一世则缺乏人力和资金，他转而向苏莱曼苏丹寻求援助，后者乐意为他提供部队。事实上，亚历克修斯一世对于稳定的突厥人的人力供应的依赖可以从他建立了两个新单位中看得出来：精锐的 Vardariot（在鲁米利亚定居的基督教突厥人）和Turcopouloi（突厥人之子）。
亚历克修斯一世在和罗伯特·吉斯卡尔和他的儿子博希蒙德的交手中被三次大败，不过，诺曼人的战争狂热随着他们的舰队在公元1081年被风暴击沉后慢慢地减少，在公元1082年，底拉西乌姆外的诺曼人军队中爆发了流行病，有多达1万人死亡。当罗伯特·吉斯卡尔在公元1084年去世时，博希蒙德同意同亚历克修斯一世议和并且撤回了意大利。不过，亚历克修斯一世的胜利并没有为他带来太多政治资本。他依旧是一个篡位者，而且他为军队筹钱而进行的没收教会财产和让金币贬值的政策让她不受欢迎。亚历克修斯一世被迫专注于国内事务，所以在安纳托利亚获得和平是十分必要的。亚历克修斯一世同新的罗姆苏丹基利杰·阿尔斯兰议和，而其中的一项就是将塞尔柱人的罗姆苏丹国中的拜占庭难民重新安置到安纳托利亚西部。于是，他在两个国家之间创造了一片荒凉的无人区，并且在关键地点建立了军事定居点。鉴于拜占庭当时的经济和人口的情况，亚历克修斯一世的决定是有道理的—基于同样的考虑，在公元7世纪，拜占庭皇帝希拉克略撤出了叙利亚。不过，这也承认了拜占庭帝国已经失去了安纳托利亚高原。

作为拜占庭核心领土的安纳托利亚—大贵族地主的利益
在公元7世纪的拜占庭帝国差点亡国之后的近两个世纪里，安纳托利亚已经是拜占庭帝国的核心领土。不过，这是没有办法的办法，拜占庭人并没有选择权。安纳托利亚是一个防御堡垒，让拜占庭人能抵抗阿拉伯人的入侵。不过，除了西部的沿海地区，安纳托利亚地区并不是十分肥沃。在公元7世纪的军区系统的建立后，安纳托利亚的军事重要性意味着在那里获得良好土地的机会只向军人阶层开放。随着时间的推移，那些可以获得大型地产的军官纷纷向军事贵族转变。在公元8世纪的经济好转之后，这些贵族开始从那些小地主农兵手中购买土地。
到了公元10世纪，军事贵族已经权势极大，他们有能力去挑战拜占庭皇帝的权威。拜占庭皇帝罗曼努斯一世和巴西尔二世试图通过指定禁止军事土地的转让的法律来击破这些大贵族的权力。巴西尔二世则更进一步，从罗曼努斯一世时期到他统治时进行的土地转让在没有补偿金的情况下被作废。巴西尔二世的强征土地有效地破坏了一些大家族（比如，Phocai和Sclerii）的权力，而其他大家族则是退出了政治并且隐居在他们的乡村地产中。虽然巴西尔二世的土地改革是出于宏伟的愿景—让小地主农兵免于被大贵族吞噬，不过，这并没有真正地改善拜占庭帝国的安全状况。小地主农兵在军事上和政治上都没有影响力，巴西尔二世的土地政策则让安纳托利亚的贵族阶层十分憎恨他。在巴西尔二世去世的时刻，其中的许多人就不再效忠拜占庭帝国。
和安纳托利亚相反，鲁米利亚是富饶且肥沃的，因此，它并没有受到严格的军管所有制的控制，当地有多样化的投资。很快，东部和西部之间的经济平衡越来越明显，这使得拜占庭皇帝常常忽视那些安纳托利亚大贵族的利益而对西部投入更多关注。尽管科穆宁王朝自己也是安纳托利亚大贵族的一员，当他们掌权后，他们很快就意识到了他们的经济利益在西部。对拜占庭帝国的西部利益的保护是在亚历克修斯一世，约翰二世和曼努埃尔统治时期的一致政策。相反的是，安德罗尼库斯·科穆宁努斯的一生都在安纳托利亚为拜占庭帝国或塞尔柱罗姆苏丹国效力，所以，他对他的前任们的倾向于西部的政策的反感是相对好理解的。
拜占庭帝国在安纳托利亚的土地用途的系统也是突厥人得以快速征服的一个关键因素。放牧马匹和羊群不像耕地那样需要人力，而大型乡村地产的出现也使得农民被赶出土地，而安纳托利亚高原的人口开始减少。当突厥蛮人掠夺者刚刚现身时，几乎毫无防备的大地产和它们的大规模的牧群实在是显眼的目标。随着突厥蛮人在安纳托利亚各地的掠夺，大量人口向西逃往城市之中或沿海地区，几乎将安纳托利亚高原留给突厥人。这些损失造成的经济影响力对中央政府而言并没有想象中的那样大，因为他们早就失去了从那些安纳托利亚大贵族手中征税的权力，反而让他们加强了对后者的权威。在比提尼亚和米安德尔河谷的沿海地区和富饶农地才是真正的繁荣的农业地区，这些地方依旧在拜占庭帝国的控制下。
缺少明确的防御边界让拜占庭人很难在突厥人的征服的早期保卫剩下的领土。不过，第一波突厥人掠夺者大多是强盗和盗贼，他们既没有资源也没有倾向去围攻城市，而他们的活动仅仅蹂躏乡村。不过，库塔拉米斯等突厥人精英在曼兹克尔特战役之后进入安纳托利亚，他们完全了解城镇和城市的经济价值，不过，他们也缺乏进行全方位的征服战争所必需的资源。不过，随着突厥人控制了乡村，城市主动向突厥人效忠只是时间问题，这样他们的城市政府能得到完全保留。这对一些城市而言是正常的举动，在公元615年的萨珊王朝的入侵和公元637年的阿拉伯人的征服时，这种情况都有发生。令人惊讶的则是，在这个例子中，拜占庭宫廷将几个城市给突厥人控制。在公元1078年，当尼基弗鲁斯·波塔尼亚提斯离开他的基地尼西亚去宣称皇位时，他将这个城市以及基齐库斯，尼科米底亚，卡尔西登和克利索波利斯作为附庸地区转交给苏莱曼，让后者驻军和管理。

拜占庭-突厥的共同统治
在公元1081年，亚历克修斯一世和苏莱曼签订了和平条约，这一条约的重要性不仅体现在拜占庭-塞尔柱之间的边境线的确定和贸易关系的正常化，还体现塞尔柱罗姆苏丹国在拜占庭的‘罗马帝国’内真正地建立起来。米哈伊尔七世·杜卡斯，尼基弗鲁斯·波塔尼亚提斯和亚历克修斯一世·科穆宁努斯这一系列的拜占庭皇帝都在某种程度上因苏莱曼的支持而对他欠债，因此，他们将金钱，土地和头衔回报给他。自然地，苏莱曼发现他的利益和拜占庭人是趋同的，而非在伊朗的大塞尔柱帝国，后者则越来越多地将他视作是威胁。也许，苏莱曼也受到了他的宫廷中任职的一些拜占庭官员的影响，那些人无疑会强调同拜占庭皇帝保持友好关系会带来的好处。至少可以肯定的是，苏莱曼接受了作为拜占庭帝国的保护国的地位。为了换取苏莱曼的忠诚，亚历克修斯一世给予了他苏丹的头衔，苏莱曼也许会在非正式场合使用这个头衔，因为他无法合法地拥有这一头衔。马利克·沙赫当然不会承认苏莱曼是苏丹并且会将那样的宣称视作是叛国，而苏莱曼的官方头衔是贝伊勒贝伊（贝伊中的贝伊）
]在公元1086年，苏莱曼野心膨胀，试图对抗大塞尔柱帝国，并且进军叙利亚，不过，他战败被杀。亚历克修斯一世利用苏莱曼去世后的混乱去收复了一些边境要塞并且巩固了他对安纳托利亚的西部的控制，不过，他无力去对安纳托利亚地区进行再征服。大塞尔柱帝国的苏丹马利克·沙赫对罗姆苏丹国的独立现状十分不满，他依旧认为对所有的塞尔柱人的统治权是他的。在公元1090年，他给予亚历克修斯一世一个惊人的提议：双方议和并且联姻，塞尔柱苏丹将从安纳托利亚撤走全部塞尔柱军队并且送还曼兹克尔特战役之后拜占庭丢失的全部领土。这也许是个诱人的提议，但是亚历克修斯一世拒绝了。公开上的说法是亚历克修斯一世不能让他的基督徒女儿嫁给一个穆斯林。在政治上，塞尔柱罗姆苏丹国是拜占庭帝国和强大的大塞尔柱帝国之间的有效的缓冲地区。因此，他维持同塞尔柱罗姆苏丹国的联盟是十分重要的，而且他还要利用两个塞尔柱王朝之间的不和作为自己的优势。亚历克修斯一世也一定意识到了马利克·沙赫对安纳托利亚的突厥人而言没有权威，几乎没有人会听从他的命令，即使他们撤走了，那也只会留下股大的权力真空。最为重要的是，亚历克修斯一世依赖于突厥人的人力，这是他建立联盟的关键。在公元1092年，马利克·沙赫再次提议，不过，他在亚历克修斯一世再次拒绝前就去世了。在同年，苏莱曼的13岁的儿子基利杰·阿尔斯兰从伊斯法罕的监禁中逃出，来到尼西亚。亚历克修斯一世支持基利杰·阿尔斯兰对苏丹的宣称。他们签订和平条约并且一同和土麦那的埃米尔Tzachas，后者宣称自己是皇帝。
亚历克修斯一世的保持他对基利杰·阿尔斯兰的影响力的想法很快就落空了。这位年轻的苏丹被证明是一个强大有为的领导者，而且很快重新获得他对那些反叛的埃米尔的权威。之后，他率领他的军队对抗拜占庭帝国，并且很快征服了那些亚历克修斯一世最近收复的要塞。由于拜占庭帝国在安纳托利亚西部的统治有崩盘的危险，亚历克修斯一世转而向诺曼人寻求帮助。不过，从西方而来的是十字军。拜占庭人在数个世纪中一直在同穆斯林作战，不过，十字军的概念对他们是完全陌生的。亚历克修斯一世利用十字军来从突厥人手中收复他们曾经的首都尼西亚，并且将前往安塔利亚的沿途清理出一条通道。亚历克修斯一世对尼西亚的突厥驻军开出的条件十分宽大：让他们带着所有财产离开或者留下为拜占庭帝国效力。在战败之后，基利杰·阿尔斯兰重新定都于科尼亚并且重建了同拜占庭人的良好关系。拜占庭帝国和塞尔柱罗姆苏丹国对十字军运动都相对冷淡。罗姆苏丹国的塞尔柱人从未援助他们的叙利亚同族，而拜占庭人经常同塞尔柱人一同对抗十字军。
亚历克修斯一世的维持拜占庭-塞尔柱罗姆之间的亲密关系的政策似乎最终还是得到了回报：基利杰·阿尔斯兰的儿子和继承者沙汗沙赫在公元1116年正式地接受了同拜占庭帝国的联合。不幸的是，不久后，沙汗沙赫就被他推翻并且被刺杀。沙汗沙赫的弟弟马苏德一世决心保持塞尔柱罗姆苏丹国的独立，不过，拜占庭-塞尔柱依旧是同盟状态。在公元1146年，曼努埃尔一世·科穆宁努斯同马苏德结盟，去对抗第二次十字军。曼努埃尔一世在马苏德去世之后介入到了塞尔柱罗姆苏丹国的继承危机中，并且确立马苏德的儿子基利杰·阿尔斯兰二世成为继承人。基利杰·阿尔斯兰二世被证明是一个危险且不可靠的附庸，只要有利可图，他经常打破同曼努埃尔一世之间的决定。曼努埃尔的军事威胁则足够迫使基利杰·阿尔斯兰二世回到谈判桌上。曼努埃尔一世在君士坦丁堡接见过基利杰·阿尔斯兰二世，后者也被视为贵客。不过，在公元1175年，由于他们之间的条约不断被违反，曼努埃尔一世决定率领一支军队进攻科尼亚，不过，他急于求成，在密列奥塞法隆战役中被击败。尽管曼努埃尔一世的战败极大地削弱了拜占庭帝国在安纳托利亚的地位，基利杰·阿尔斯兰二世并没有提出苛刻的条约，而且拜占庭-塞尔柱之间再次恢复正常。即使在10年后，塞萨洛尼卡的大主教Eustathios在给塞尔柱苏丹写信时，将基利杰·阿尔斯兰二世视作是拜占庭帝国的盟友以及年轻的拜占庭皇帝亚历克修斯二世的利益的保护者。

拜占庭的罗马帝国内的主权和认同
拜占庭人是相当精神化的民族。在他们的世界观中，罗马帝国（imperium romanorum）即eokoimene是宇宙帝国的中心，是永恒且独一的。帝国的财富的多少取决于上帝的旨意；以祂的意愿，以战争和战败来惩罚拜占庭人或者以胜利来荣誉他们。这个宇宙学允许拜占庭人来不断地调整自己的世界观，以应对领土的丢失和再征服。因此，对在神圣秩序中的皇帝地位的承认的重要性要大于对领土的控制。在拜占庭人的世界中，皇帝是上帝在大地上代理统治者以及罗马帝国（即，文明世界）的保护者。那些在‘罗马帝国’之外的人是对抗神圣秩序的蛮族和叛徒。因此，塞尔柱人也许在战场上击败了拜占庭人并且攻占了他们在安纳托利亚的领土，不过，苏莱曼对拜占庭皇帝的权威的承认允许拜占庭人将塞尔柱人纳入到罗马帝国内。至少，这可以营造出安纳托利亚已经被‘罗马人’恢复的假象。实际上，将塞尔柱人纳入到帝国之中，而苏莱曼的头衔是苏丹。
在拜占庭帝国这样的多民族帝国中，种族划分是不适用的。安娜·科穆宁娜也许将突厥人称作野蛮人，不过，她也将诺曼人，意大利人和法兰克人称作野蛮人。一个人想要被视作是拜占庭人的话，他必须信仰东正教并且理解文明（古典文学，秩序，法治和其他文明礼仪）。将突厥人接纳为蛮盟（foederati）是将他们从蛮族转化为拜占庭人的长期过程的第一步，就像拜占庭人对异教徒的斯拉夫人，保加尔人和罗斯人所做的那样。即使突厥人信仰伊斯兰教，那也不被认为是对种族融合而言的一个不可逾越的障碍，因为，11世纪的突厥人并没有将伊斯兰教和基督教过分区分，塞尔柱罗姆苏丹国并不在他们的领土内对基督徒作出限制。许多拜占庭官员在塞尔柱罗姆苏丹国的宫廷中任职就是十分明显的一点。其中一些人，比如费拉里图斯的儿子就皈依了伊斯兰教，不过，这并不是必要的。许多拜占庭人依旧坚持了基督教信仰，而且这似乎并没有阻碍他们的职业生涯。实际上，塞尔柱罗姆苏丹国认可君士坦丁堡的宗主教对它的领地内的东正教基督徒的完全的宗教权威，不过，他们在安条克控制有一个相对的宗主教。
不过，伊斯兰教对于那些为拜占庭帝国效力的突厥人而言还是晋升的障碍，而且他们中的许多人通常会（至少是名义上的）皈依基督教。不过，东正教的当权者依旧对突厥人的皈依有所怀疑，而曼努埃尔一世·科穆宁努斯采取了相对务实的态度并且试图通过简化过程来促进皈依。不幸的是，东正教教士中的反对者一直在阻挠他的计划。到了12世纪末，塞尔柱人在伊斯兰教的乌理玛(穆斯林的教法学家)的主导下重新整合。拜占庭文化和波斯文化都对突厥人有十分重要的影响，最终，突厥文化证明了自己的弹性。基督徒和穆斯林的旅行者都对与众不同的突厥文化印象深刻，而安纳托利亚渐渐地被称为土耳其亚。

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拜占庭人在曼兹克尔特的军队总数好像公认为4万多一点，这没有疑问，但是塞尔柱人怎么那么少？我看过一本说决定世界历史的50大战役的一本书，说塞尔柱人也有4万人，应该和拜占庭相当？