穗莞深城际广州支线(即广深铁路III、IV线):广州东(换乘广深铁路、广汕高铁)-石牌-奥体中心-新塘(换乘新白广城际、广深铁路、广汕高铁)-望洪(换乘佛莞城际)-洪梅-沙田-厚街-虎门(换乘广深港高铁、肇顺南城际)-虎门商贸城-长安厦边-长安金沙-海上田园-和平-深圳机场北(即T4)-深圳机场(即T3)
预计2018年底通车
穗莞深城际北延线(即新白广城际):广州北(换乘京广高铁、广清城际、广佛环线)-天贵路(换乘广佛环线)-花山(换乘广佛环线)-广州机场T2(换乘广佛环线)-广州机场T1(换乘广佛环线)-广州机场T3(换乘广佛环线)-竹料(换乘广佛环线)-健康产业城-马头庄-佛朗村-平岗-镇龙-荔湖城-增城开发区-新塘(换乘广深铁路、广汕高铁)-望洪(换乘佛莞城际)-洪梅-沙田-厚街-虎门(换乘广深港高铁、肇顺南城际)-虎门商贸城-长安厦边-长安金沙-海上田园-和平-深圳机场北(即T4)-深圳机场(即T3)
预计2020年底通车
穗莞深城际琶洲支线:琶洲(换乘广佛环线)-大学城东-化龙-莲花(换乘佛莞城际)-麻涌(换乘佛莞城际)-望洪(换乘佛莞城际)-洪梅-沙田-厚街-虎门(换乘广深港高铁、肇顺南城际)-虎门商贸城-长安厦边-长安金沙-海上田园-和平-深圳机场北(即T4)-深圳机场(即T3)
预计2021年底通车
上述就是穗莞深城际的三条线路,运行时间为每天6:00-12:00,全部将开行站站停列车,每条线路近期(2030年)每天开行30对列车,每条线路远期(2040年)每天开行40对列车。
意味着近期(2030年):新塘、中堂、望牛墩这3个站每天有60对列车经过,望洪、洪梅、沙田、厚街、虎门、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园、和平、深圳机场北、深圳机场这12个站每天有90对列车经过,其余站每天有30对列车经过。