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大缙入主北京之后，基本接替明代官制，分为中枢、地方、军事官制三部分。废除内阁，东西厂及锦衣卫，并对细微弊处加以修改。后高祖为兵戈之便，始设军政司，为最高权力机构，沿用至今。

中枢官制
·三公·
为皇帝的辅佐官，职位崇高，但无定员，无专责，实际上是虚衔，为大臣加官或赠官（生而授为加，死而授为赠）。
三公（太师、太傅、太保）
三孤（少师、少傅、少保）

·军政司·
军政司由高祖始设，经仁祖，成祖完善，总揽军政要务，其主要职能为，
负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理；
某些重大案件，皇帝特交军政司大臣审理拟定，或由军政司会同三法司审拟；
重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放，均由军机大臣负责开列应补人员名单，交皇帝选择任用；
考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军，军政司需考查山川险要，道里远近，应用的兵马、钱粮，则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题，即时呈递；
可奉皇帝旨意，以“钦差”身分，往各地检查或处理一些政事。
军政司官员虽品级不高，但却是国家最高权力机构，由皇帝亲自调配，筛选和裁定。
正四品：领事（二人）
正五品：长史（四人）
正六品：参军（八人）
正七品：司员（不限）

·六部·
吏部
为六部之首，掌管天下文官的任免、考课、升降、勋封、调动等事务。下设四个清吏司（文选、验封、稽勋、考功）。并礼部一并主持科举事宜。
户部
掌管户籍财经。下设十五清吏司（浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南、交趾、台湾）。另有一些直辖机构，如宝钞提举司、广盈库、军储仓等。
礼部
考吉、嘉、军、宾、凶五礼；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。下设四个清吏司（仪制、祀祭、主客、精膳）。另辖铸印局等。
兵部
掌管选用武官及兵籍、军械、军令等。下设四个清吏司（武选、职方、车驾、武库）。另辖会文馆等机构。
刑部
主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与都察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。下设十五清吏司（分司同户部）。
工部
掌管营造工程事项。下设四个清吏司（营缮、虞衡、都水、屯田）。另辖宝源局、军器局等机构。
正二品：各部尚书（一人）
正三品：各部左右侍郎（一人）
正五品：各司郎中（一人）
从五品：各司员外郎（一人）
正六品：各部主事（八人）
正七品：各部令史（不限）

·都察院·
都御史，“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。十五道监察御史的职责是“察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在内两京刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。外巡按，清军，提督学校，茶马，巡漕，巡关，攒运，印马，屯田。师行则监军纪功”。巡按称为“代天子巡狩”。
正二品：左右都御史（一人）
正三品：左右副都御史（一人）
正四品：左右佥都御史（一人）
正七品：监察御史（分管十五司，不限人数）

·翰林院·
掌制诰、史册、文翰、讲读经史、修撰国史等事。
正五品：翰林学士（一人）
从五品：侍读学士（两人）、侍讲学士（两人）
正六品：侍读（两人）、侍讲（两人）
从六品：修撰（四人）
正七品：编修（八人）
·国子监·
管理教育的最高行政机关和国家设立的最高学府。下设五厅（绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅、掌馔厅）、六堂（率性、修道、诚心、正义、崇志、广业）。
从三品：国子监祭酒
从四品：国子监司业
正五品：五经博士
正六品：国子监丞
从六品：五经助教
从七品：五经学正

·五寺·
五寺是五衙门的简称，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。
大理寺：全国最高上诉机关。与都察院、刑部成三法司。
太常寺：主管祭祀。
光禄寺：主管宴享。
太仆寺：管马。
鸿胪寺：管招待外宾。
正三品：卿（一人）
正四品：左、右少卿（一人）
正五品：左、右寺丞（一人）
从五品：左、右寺正（一人）
从七品：主簿（不限）

皇宫辅臣有贰
·詹事府·
詹事府是负责辅助太子的机构，设左右春坊、司经局、主簿厅。
正三品：詹事（一人）
正四品：少詹事（一人）
正六品：府丞（一人）
·太医院·
太医院管理宫廷及贵族诊断、制药。
正五品：院使（一人）
正六品：院判（二人）
正七品：御医（四人）
从七品：吏目（不限）

地方官制
沿用明代承宣布政使司，习惯上仍称为“行省”。有左右布政使各一人，左右参政、左右参议等官。
行省设提刑按察使司，有按察使一人及副使、佥事等官。按察使掌“一省刑名按劾之事”。布政使司、按察使司为一省的最高行政、司法机构，合称“二司”。
道
于布政使司置参政、参议，分司诸道，称分守道；按察司置副使、佥事，分司诸道，称分巡道。还在一些地方设整饬兵备道。又有协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道等。道之制度，在明朝已颇复杂。
府
隶属于道。府分上（粮二十万石以上者）、中（二十万石以下者）、下（十万石以下者）三等，有知府一人及同知、通判等官。知府掌“一府之政，宣风化，平狱讼，均赋役”。也设通判，但已不如宋之权重，仅为分掌粮运及农田水利之官。
州
一为直隶州，地位相当于府，隶属于省；一为属州（散州），地位相当于县，隶属于府。各州有知州一人及同知、判官等官。
县
有知县、县丞、主簿各一人，其属有典史等。县分上（粮十万石以下者）、中（六万以下者）、下（三万以下者）三等，均隶属于府或州。
各府设府学，以掌管教育，有教授一人，训导四人。各州设州学，有学正、训导等官。各县设县学，有教谕、训导等官。学童应试录取后，在儒学（府学、州学、县学）中读书者称为“生员”，俗称“秀才”。

军事官制
设五军都督府每府各有左右都督、都督同知、都督佥事及经历、都事等官。都督府都督等官，为空衔。
统兵之官，加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备等衔，始有带兵之实权。
在外各省设都指挥使司，简称“都司”，为一省之军事总机构。在全国设十六都司，除十三省外，辽东、大宁、万全等地亦设有都司。有都指挥使（正二品）、都指挥同知（从二品）、都指挥佥事（正三品）等官

散官与勋爵
文散阶有四十二阶，以历考为差：
正一品，初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫；
从一品，初授荣禄大夫，升授光禄大夫；
正二品，初授资善大夫，升授资政大夫，加授资德大夫；
从二品，初授中奉大夫，升授通奉大夫，加授正奉大夫；
正三品，初授嘉议大夫，升授通议大夫，加授正议大夫；
从三品，初授亚中大夫，升授中大夫，加授大中大夫；
正四品，初授中顺大夫，升授中宪大夫，加授中议大夫；
从四品，初授朝列大夫，升授朝议大夫，加授朝请大夫；
正五品，初授奉议大夫，升授奉政大夫；
从五品，初授奉训大夫，升授奉直大夫；
正六品，初授承直郎，升授承德郎；
从六品，初授承务郎，升授儒林郎，吏材干出身授宣德郎；
正七品，初授承事郎，升授文林郎，吏材干授宣议郎；
从七品，初授从仕郎，升授征仕郎；
正八品，初授迪功郎，升授修职郎；
从八品，初授迪功佐郎，升授修职佐郎；
正九品，初授将仕郎，升授登仕郎；
从九品，初授将仕佐郎，升授登仕佐郎。
武散阶三十阶：
正一品，初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫；
从一品，初授荣禄大夫，升授光禄大夫；
正二品，初授骠骑将军，升授金吾将军，加授龙虎将军；
从二品，初授镇国将军，升授定国将军，加授奉国将军；
正三品，初授昭勇将军，升授昭毅将军，加授昭武将军；
从三品，初授怀远将军，升授定远将军，加授安远将军；
正四品，初授明威将军，升授宣威将军，加授广威将军；
从四品，初授宣武将军，升授显武将军，加授信武将军；
正五品，初授武德将军，升授武节将军；
从五品，初授武略将军，升授武毅将军；
正六品，初授昭信校尉，升授承信校尉；
从六品，初授忠显校尉，升授忠武校尉。
文勋十阶：
正一品左、右柱国，从一品柱国；
正二品正治上卿，从二品正治卿；
正三品资治尹，从三品资治少尹；
正四品赞治尹，从四品赞治少尹；
正五品修正庶尹，从五品协正庶尹。
武勋六品十二阶：
正一品左、右柱国，从一品柱国；
正二品上护军，从二品，护军；
正三品上轻车都尉，从三品轻车都尉；
正四品上骑都尉，从四品骑都尉；
正五品骁骑尉，从五品飞骑尉；
正六品云骑尉，从六品武骑尉。