液相的三重四级杆一般用来对代谢物进行绝对定量。GC-MS,LC-QTOF/MS,三重四级杆分别适用于不同的代谢组学检测要求。开始需要确定需要定量哪些代谢物，然后针对这些代谢物选择合适的检测方法。

代谢组学检测的手段有哪些？
主要技术手段是核磁共振（NMR ），液-质联用（LC-MS），气-质联用（GC-MS），色谱（HPLC，GC）等。通过检测一系列样品的谱图，再结合化学模式识别方法，可以判断出生物体的病理生理状态，基因的功能，药物的毒性和药效等，并有可能找出与之相关的生物标志物（biomarker）。

代谢组学能检测出多少物质？
不同的平台其灵敏度及偏向性都不一样，而且不同的平台之间具有互补性。一般来说，NMR的灵敏度最低，能检测并定性的物质少于100个，其优势是简单，无损伤，可定量。质谱的灵敏度大概是NMR的1000倍，GC-MS检测血清样品定性的物质约300个左右，检测尿液样品定性的物质约600个左右，其他样品也在几百这个数量级。如果采用全二维GC-MS，物质的数量要翻倍，一般1千个以上。LC-MS检测物质的数量要比GC-MS少一些，一般100个以上。

三个平台我怎么选择？
三个平台之间具有互补性，经费允许的情况下最好三个平台都做。如果是粪便及肠道内容物，建议采用NMR，其他样品建议首选GC-MS，因为其得到的物质多，且容易定性。

楼主可以先看看，

楼主你好，根据的帖子。回复以下内容:
对于没有代谢组学研究背景的实验室来说，刚开始这方面的研究，首先需要根据自己的研究制定好方向。
包括：仪器平台，软件，数据库基本搜索。
目前，除了天然药物化学外，一般代谢组学研究，使用生物质谱正在成为主流。包括GC-MS和LC-MS。其中GC-MS通用性较为好一点，LC-MS中，UPLC-QTOF/MS主要使用做非靶向代谢组学使用，目前一些厂商也在宣传自己的QTOF/MS可以定量，但是不推荐使用。UPLC-MS/MS主要用来做靶向定量代谢组学。
软件的话，仪器厂商自带的软件基本可以满足使用，如果是非靶向代谢组学，需要考虑到数据处理和数据分析，一般来说使用R语言就可以完全满足数据分析的需求，但是R对于新手来说入门复杂一点。而SIMCAP和SPSS入手相对容易一点，其中SIMCAP目前被国内的某代理商代理了，价格较为啃爹，一般使用，推荐使用13.0破解版的就可以了，网上很多，SPSS也有。
数据库一般使用仪器厂商自带的加上公共数据库就可以了，另外建议多多阅读文献，选择与你的研究相近的已有文献多多阅读，看看别人是如何建立方法的。这里我无法给出具体的方法，因为代谢组学实验方法划分的比较细。只有选择相应的文献多家阅读才是事半功倍的正途。
谢谢。另外欢迎在我的帖子中跟帖留言交流代谢组学知识。http://tieba.baidu.com/p/4971361094。

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