关于使用mma做分子动力学模拟的问题

或者简单说一下从哪里可以看到mma的实例也可以，麻烦了，谢谢！

希望不要沉，马上就要开始做了

mma是计算软件，做模拟的话还是出门左转吧

……我觉得这里的主要问题是，“分子动力学模拟”到底是要干啥？这词我也不是第一次见了，但是从来没弄清楚它的意思，光看百科也看不出个所以然来，通常所说的“模拟”背后也是数学啊，“分子动力学模拟”背后的数学问题是啥？微分方程数值求解？最优化问题？还是其他什么的？
顺便牢骚两句。我个人其实很讨厌“模拟”这个词，因为我觉得它掩盖问题本质，阻碍人们对问题的深入理解，当然可能有人会说，这是为了方便大家傻瓜化地求解问题，不用关心背后复杂的数理，对此我想说，就我所见，现有的模拟软件，都还没有完善到能让人傻瓜化地使用的地步……

近期偶然地看了一点点分子动力学相关的东西，结果发现，虽然在Mathematica.stackexchange鲜有明确提及 molecular dynamics （MD）的帖子（顺便这是其中之一： mathematica.stackexchange.com/q/161471/1871 ），在尝试用 Mathematica 做分子动力学模拟的人可能意外地并不少：涉及超大规模常微分方程组求解的那些帖子可能有相当数量是在做 MD 模拟，只是提问者有意无意地隐掉了问题背景而已。有兴趣的朋友不妨沿着 [differential-equations] [performance-tuning] ODE 这几个关键词翻翻看。