航母舰长确实可以对航母本身进行指挥，舰长需要对航母在执行任务时的安全负责，同时还要指挥航母在日常时的训练工作，可以说是一艘航母的核心人物。但护送航母出动执行任务的时候，除了航母还有其他的巡洋舰护卫舰和补给舰等随行，组成一个航母编队。但整个编队的指挥就并非仅仅由航母舰长来做决定，最高指挥官是对于整个航母编队进行指挥的司令员。航母司令需要航母、护卫舰以及战斗机等航母编队的全部军事力量进行指挥，是航母编队的首脑和最高权力代表。司令需要对航母编队在执行任务时的所有事务负责，负责在发生交火时的军事作战指挥。

而这一最高指挥官机构可以设立在航母上，也可以在其他的舰艇上面。譬如美国的航母最高指挥机构就一般不设在容易受攻击的航母上，而是设立在其他攻击力强的舰艇上。在航母编队的指挥上，整个编队都会使用一个秘密的局部域网进行通讯。通过这个局域网，司令员、舰长以及编队的所有士兵都能进行有效的交流和沟通，使编队在交战的时候能够清晰地了解作战战术。而下发命令的就交由司令员进行，编队所有的动向都有司令员进行统筹。

此外，除了司令和航母舰长之外，还有一号人物也是极为重要的。那就是航母编队当中的战斗机指挥官，也就是飞行联队的指挥员。加上这一飞行大队的指挥官，航母编队的司令、航母舰长三位人物则组成了编队中最重要的指挥机构，对战斗的结果起着决定性的作用。所以，很多媒体只关注航母的舰长其实稍稍欠妥，媒体更应该关注的应该还有航母编队的司令员，以及飞行联队的指挥员。因为航母舰长仅仅是航母本身的指挥官，而航母无法独自完成出海，必须依靠整个航母编队的共同协作才能完成作战任务。