一、时间地点:
2017年 5月12日---5月14日 广州
(时间安排:第一天报到 ,授课两天)
二、学习目标:
本次会议旨在介绍癌症基因组数据挖掘的方法,并强调学以致用。先介绍当下热门的TCGA数据库及其数据组成,学习获取TCGA数据多种方法;结合TCGA的数据类型和已发表的相关论文,讨论TCGA数据的用途,为相关科研工作助力。然后以具体的软件和TCGA的实例数据入手,重点介绍大样本量的生物数据分析策略、结果解读、多组学数据的整合分析。此外还将介绍GEO和ArrayExpress两大基因表达综合数据库,获取数据库中的生物芯片数据和RNA-seq数据。结合主讲人的部分科研工作,辅导学员入门生物芯片数据和RNA-seq数据的分析,并针对现场出现的问题,寻求一般性解决方案。此外,考虑到学员不同的学科背景,我们将提供独特的专题讨论和答疑,以快速培养学员独立解决实际问题的能力,从而尽可能地满足各种需求。
三、授课方式:
1、上机操作; 2、专题小组研讨与案例讲解分析结合; 3、课程讲座;
(主题明确,针对性强。专题小组研讨与案例讲解分析结合。)
郑州晟智科信企业管理咨询有限公司
二零一七年四月五日
四、主讲专家:
主讲专家来自著名高校及科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事基因组生物信息学,基因调控网络模型,基因芯片数据分析及方法科研和教学工作,具有资深的技术底蕴和专业背景。
五、参会对象:
各省市、自治区从事生物化学、生命科学、药物化学、计算化学、分子研究、生物医药、等相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员和大专院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员,以及生物信息医学领域的广大爱好者。
六、报名费用:
A类 费用:2500元(报名费、注册费、资料费、会议费)食宿可统一安排,费用自理。
B类 费用:3500元(报名费、注册费、资料费、会议费、考试费、证书费)食宿可统一安排,费用自理。
七、颁发证书:
参加B类培训的学员考核通过,可以获得:由全国职业资格考试认证中心颁发的《生物信息工程师》证书。查询网址:http://www.zgks.org 该证书全国通用,是从业人员晋升、加薪、求职、法律公证的有效证件。注:请学员准备身份证、学历证复印件各2份,2寸蓝底证件照4张;
八、报名方式:
请各单位接此通知后,尽快确定参会人员,认真填写报名回执并传真至:0371-86073066或发E-mail至: szkxym2016@126.com ,会务组收到回执后将通知相关报到事宜。
九、联系方式:
电 话:0371-86073066 传 真:0371-86073066
联系人:杨敏 15838303743 E_mail:szkxym2016@126.com
TCGA简介:
肿瘤基因组图谱(TCGA),由美国国家癌症和肿瘤研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)联合进行。目前有36种癌症类型。
TCGA提供的数据类型包括:病人资料、治疗进程、临床分期、肿瘤病理、存活情况;基因芯片和二代测序得到的mRNA、miRNA、蛋白等表达量;遗传突变、拷贝数变异、DNA甲基化程度等。TCGA数据库就是进行癌症基因组研究的强大资源。
应用范围:
1、TCGA数据库提供免费下载功能
2、有丰富的临床数据资源,用于进行生存分析
3、对单个癌症类型进行在DNA水平,蛋白水平进行表达分析,甲基化分析,突变情况分析以及拷贝数变异情况分析
4、对同种数据类型可以进行多种癌症类型的交叉分析
5、对单个样本的进行多种数据类型的综合分析
6、对实验结果进行后期验证。
7、通过数据挖掘,对文章提供生物信息学支持
从TCGA数据库的原始数据下载方法,到数据分析过程以及可视化工具使用,教您从大数据中挖掘出有用信息。
附件一:课程大纲
时间安排 科目 内容 具体分析内容
第一天上午 TCGA数据库(新版)介绍及数据下载 TCGA中单个癌症的特定类型数据下载 使用TCGA进行单个癌症的基因表达表达数据或突变数据下载方法,R语言平台下载和处理TCGA数据
周边数据库简介 miRNA靶基因数据库LncRNA数据库Protein数据库 在对TCGA各类型数据的分析中可能使用到的常用数据库
第一天下午 TCGA数据分析策略 用TCGA数据都能做哪些分析 举例说明TCGA的数据分析(分子分型、突变数据分析)
第二天上午 GEO数据库ArraryExpress数据库时间允许的话SRA数据库 (1)数据库的使用(2)相关数据下载 掌握两个数据库的基本操作,了解数据下载
第二天下午 基因芯片数据分析 基因芯片分析 (1) 芯片数据的获得(2)数据预处理(3)差异表达分析(4)基因注释分析
RNA-seq数据分析 举例介绍RNA-seq数据分析流程及注意事项 (1)RNA-seq数据获取(2)基因表达定量(3)差异表达分析(4)基因注释分析
2017年 5月12日---5月14日 广州
(时间安排:第一天报到 ,授课两天)
二、学习目标:
本次会议旨在介绍癌症基因组数据挖掘的方法,并强调学以致用。先介绍当下热门的TCGA数据库及其数据组成,学习获取TCGA数据多种方法;结合TCGA的数据类型和已发表的相关论文,讨论TCGA数据的用途,为相关科研工作助力。然后以具体的软件和TCGA的实例数据入手,重点介绍大样本量的生物数据分析策略、结果解读、多组学数据的整合分析。此外还将介绍GEO和ArrayExpress两大基因表达综合数据库,获取数据库中的生物芯片数据和RNA-seq数据。结合主讲人的部分科研工作,辅导学员入门生物芯片数据和RNA-seq数据的分析,并针对现场出现的问题,寻求一般性解决方案。此外,考虑到学员不同的学科背景,我们将提供独特的专题讨论和答疑,以快速培养学员独立解决实际问题的能力,从而尽可能地满足各种需求。
三、授课方式:
1、上机操作; 2、专题小组研讨与案例讲解分析结合; 3、课程讲座;
(主题明确,针对性强。专题小组研讨与案例讲解分析结合。)
郑州晟智科信企业管理咨询有限公司
二零一七年四月五日
四、主讲专家:
主讲专家来自著名高校及科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事基因组生物信息学,基因调控网络模型,基因芯片数据分析及方法科研和教学工作,具有资深的技术底蕴和专业背景。
五、参会对象:
各省市、自治区从事生物化学、生命科学、药物化学、计算化学、分子研究、生物医药、等相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员和大专院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员,以及生物信息医学领域的广大爱好者。
六、报名费用:
A类 费用:2500元(报名费、注册费、资料费、会议费)食宿可统一安排,费用自理。
B类 费用:3500元(报名费、注册费、资料费、会议费、考试费、证书费)食宿可统一安排,费用自理。
七、颁发证书:
参加B类培训的学员考核通过,可以获得:由全国职业资格考试认证中心颁发的《生物信息工程师》证书。查询网址:http://www.zgks.org 该证书全国通用,是从业人员晋升、加薪、求职、法律公证的有效证件。注:请学员准备身份证、学历证复印件各2份,2寸蓝底证件照4张;
八、报名方式:
请各单位接此通知后,尽快确定参会人员,认真填写报名回执并传真至:0371-86073066或发E-mail至: szkxym2016@126.com ,会务组收到回执后将通知相关报到事宜。
九、联系方式:
电 话:0371-86073066 传 真:0371-86073066
联系人:杨敏 15838303743 E_mail:szkxym2016@126.com
TCGA简介:
肿瘤基因组图谱(TCGA),由美国国家癌症和肿瘤研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)联合进行。目前有36种癌症类型。
TCGA提供的数据类型包括:病人资料、治疗进程、临床分期、肿瘤病理、存活情况;基因芯片和二代测序得到的mRNA、miRNA、蛋白等表达量;遗传突变、拷贝数变异、DNA甲基化程度等。TCGA数据库就是进行癌症基因组研究的强大资源。
应用范围:
1、TCGA数据库提供免费下载功能
2、有丰富的临床数据资源,用于进行生存分析
3、对单个癌症类型进行在DNA水平,蛋白水平进行表达分析,甲基化分析,突变情况分析以及拷贝数变异情况分析
4、对同种数据类型可以进行多种癌症类型的交叉分析
5、对单个样本的进行多种数据类型的综合分析
6、对实验结果进行后期验证。
7、通过数据挖掘,对文章提供生物信息学支持
从TCGA数据库的原始数据下载方法,到数据分析过程以及可视化工具使用,教您从大数据中挖掘出有用信息。
附件一:课程大纲
时间安排 科目 内容 具体分析内容
第一天上午 TCGA数据库(新版)介绍及数据下载 TCGA中单个癌症的特定类型数据下载 使用TCGA进行单个癌症的基因表达表达数据或突变数据下载方法,R语言平台下载和处理TCGA数据
周边数据库简介 miRNA靶基因数据库LncRNA数据库Protein数据库 在对TCGA各类型数据的分析中可能使用到的常用数据库
第一天下午 TCGA数据分析策略 用TCGA数据都能做哪些分析 举例说明TCGA的数据分析(分子分型、突变数据分析)
第二天上午 GEO数据库ArraryExpress数据库时间允许的话SRA数据库 (1)数据库的使用(2)相关数据下载 掌握两个数据库的基本操作,了解数据下载
第二天下午 基因芯片数据分析 基因芯片分析 (1) 芯片数据的获得(2)数据预处理(3)差异表达分析(4)基因注释分析
RNA-seq数据分析 举例介绍RNA-seq数据分析流程及注意事项 (1)RNA-seq数据获取(2)基因表达定量(3)差异表达分析(4)基因注释分析