涌太，曾经只是一个平凡的渔夫，原本和许多人一样，平平凡凡的过日子。但是有一天，他的两位捕鱼的同伴带回了一块奇怪的肉——人鱼的肉。相传人鱼的肉是不老不死的灵药，也正出于此，三人试探性的分吃了这快肉。但是不幸的是……一人变成了怪物，暴毙而亡，另一人则在隔日吐血而死。目睹了这一切的涌太也害怕自己会象他们一样突然而亡……。上天对涌太是残忍的吧，它并没有赐予涌太死亡，反而给了他永生（孤单）。
　　少女的名字叫真鱼，她的脚一直被桎梏着，无法走路。月色如华，可是月夜里‘半鱼人’凄厉的叫声却让真鱼无法忍受，开始对身旁一位面容可憎的老妇人发起火来！而在另外一边，老妇们正聚在一起商量着什么……
　　第二天，真鱼吃了老妇们带来的几块奇特的鱼肉……
　　涌太---因为吃了人鱼肉而变得长生不老的人。（长生不老真的很幸福吗？）为了想要变回普通人，几百年来，涌太一直在努力寻找人鱼的踪迹，希望能从人鱼那里找到变回普通人的方法，他来到了这个人际罕至的地方---野褶崎。
　　本以为是无人居住的地方，涌太却发现了几名老妇人。刚准备向她们问路时，却不料被她们上前一阵乱枪刺死，老妇们把他的尸体丢进了半鱼人的洞穴里。可是过不多久，涌太活了过来，在山洞里，他发现了一条刚死去不久人鱼的尸体……
　　涌太带着人鱼尸体再次出现在老妇们面前时，老妇们都大吃一惊，纷纷带着鱼叉围了上来。涌太发现了真鱼，于是挟持真鱼做人质逃离了村庄，躲进了半鱼人洞穴……
　　《人鱼之森》是根据高桥留美子八十年代同名漫画短篇集人鱼系列《人鱼之森》（1984）和《人鱼之伤》（1988）的改编而来。讲述的是由于吃了人鱼肉而长生不老的涌太为了变回普通人而不停在寻找着人鱼的故事。《人鱼之森》的动画和漫画故事非常接近,在恐怖气氛之余总是弥漫着一股悲伤心情,让人心情沉重。你可以在《人鱼之森》的作品中发现很多经典的对白,希望大家看此部作品时留意一下哦！
　　《人鱼之森》共有TV版13集，其中第12、13集没有在TV上公映，而是作为DVD中的最终话。另外在1991年和1993年分别推出了两部OVA，故事内容分别与原作中的《人鱼之森》和《人鱼之伤》对应。

第一集：人鱼不笑 
　　吃了人鱼肉而长生不老的涌太来到一个只有女人的小村庄，在这里，他遇见了被村里的女人们从小养在村子里的少女—真鱼。 
　　原来，村子里的女人们就是涌太一直寻找的人鱼，而她们之所以养育，或者说是监禁真鱼，真正的目的是想要吃掉她，以获得青春和美貌。 
　　涌太救出同样吃了人鱼肉的真鱼，两个人踏上了“无尽”的旅程……

第二集：斗鱼之村（前篇） 
　　涌太回忆起自己与少女鳞的相遇。 
　　（特注：鳞简直是桔梗和珊瑚的结合体，性格很像珊瑚，配音是桑岛法子，但是无论样貌还是发型都和桔梗十分相似） 
　　涌太在寻找人鱼的途中被杀，尸体漂流到鳞所居住的小岛，复活后便留在岛上，过着快乐的日子，直到临岛的海盗头子的妻子砂出现。 
　　砂为了叫涌太说出人鱼肉的下落，用刀刺向了鳞抱病在床的父亲。 
　　第三集：斗鱼之村（后篇） 
　　为了救鳞的父亲，涌太和鳞找到了人鱼，但是却被逆发岛的海盗夺走。 
　　原来，砂其实是一条人鱼，她一直在寻找同类的肉，用来补充自己因为怀孕而丢失的营养。 
　　涌太再一次与人鱼失之交臂，虽然明知道鳞对自己的感情，却不得不选择离开。

第六集：梦的终结 
　　涌太和真鱼不小心坠落悬崖，真鱼被名为大眼的怪物救起，而涌太则被村里的一个老头子捡到。 
　　从老人口中，涌太得知，大眼其实是一个半鱼人，担心真鱼安全的他，和老人一起到树林寻找真鱼。 
　　而真鱼和大眼则建立的深厚的友情，当涌太他们到来的时候，大眼积极的保护真鱼，最终被杀死。

第七集：舍利姬 
　　涌太偶然结识了靠卖假人鱼肉为生的夏目父女，夏目在很多年前因为战乱而死，父亲请求一位高僧利用还魂术和人鱼胆使得夏目重生。 
　　复活的夏目需要靠食用动物，甚至是人的胆才能生存，所以高僧一直寻找他们父女，希望可以令夏目升天。 
　　涌太决定带着夏目离开，绝望的夏目父亲抱着夏目跳下了悬崖，而失去人鱼胆的夏目最终在涌太的怀里化作了一堆白骨……

第八集：最后的脸（上集） 
　　一个拥有人鱼肉的世家，住着婆婆、母亲和一个小男孩七生。母亲总是给七生食用人鱼肉磨成的粉末，而婆婆则一心想着要把七生送离这个家。 
　　涌太和真鱼决定调查此事。 
　　就在涌太跟踪曾绑架过七生的男人时，男人的母亲却出现了，但是她却长着一张比自己的儿子还要更年轻的脸。更令涌太惊讶的是，这个男人的名字也叫七生。 
　　男人的母亲将他和涌太推落悬崖，与此同时，和年幼的七生一起返家的真鱼却在仓库里发现了一个盒子，里面装着一个年轻女人的脸。 
　　第九集：最后的脸（下集） 
　　涌太和年长的七生一起来到年幼的七生家，所有的真相都在这一刻揭晓— 
　　原来，两个七生的母亲是同一人，而事实上，年长的七生则是年幼的七生的父亲。 
　　多年前，七生的母亲为了和儿子永远在一起而给他吃下了人鱼肉。七生吐出来侥幸逃过一劫，而七生的母亲则变成了不老不死的人，脸上也留下了永远的伤痕。 
　　多年后，七生的母亲虏走了七生的儿子，将他作为七生的替代品留在身边。就在小七生决定吃下人鱼肉，永远和母亲在一起的时候，她却动摇了。 
　　烧毁了家宅，将七生还给了他的父亲，七生的母亲在一片雾色中消失了

第10话 约束的明天 前篇 
　　涌太带著真鱼去给60年前分开的女孩子苗扫墓，真鱼有点吃醋先行离开，碰到了一个男人欺负一个女孩子，真鱼挺身而出，却被随后赶到的两名壮汉一起抓走，随后被杀人埋尸。涌太扫完墓之后开始找真鱼，却在半路遇见60年没见的草吉，从草吉口中得知，苗还像以前一样年轻貌美的活著，于是跟著草吉去见苗... 
　　第11话 约束的明天 后篇 
　　涌太和草吉到达苗住的地方时，正好听到真鱼的求救声，涌太虽然及时阻止真鱼被杀，但他和草吉也被英二郎的手下抓住，带到一个废弃的工地。另一方面真鱼和苗则摆脱了英二郎手下的追捕，往红谷方面前进，在他们到达红谷的时候，遇到了等在那里的英二郎，在真鱼千钧一发要被砍头的时候，从工地逃脱的涌吉及时赶到阻止了歹徒。60年前在红谷发生的事情逐渐明朗，失魂落魄的苗看到涌吉之后又回复了60前的记忆，可是这时候苗却...

第12话 人鱼之伤 前篇 
　　涌太和真鱼在电车上遇到了一个千里迢迢投靠母亲的小男孩，两年之后，听到了关于冲上海岸的怪尸的事情又来到这里，又碰上了同一个小男孩。照邻居大婶的说法，涌太怀疑这个叫真人的孩子，妈妈可能吃了人鱼肉，前往调查的时候，正好碰见一个半鱼人想攻击真人，打死了半鱼人之后，涌太从它手指上的戒指知道了它是到这里帮佣的女孩雪枝，真人为什麼要给雪枝人鱼肉吃呢？真人本身又是何方神圣？话 人真人的妈妈道出了事情的原委... 
　　第13话 人鱼之伤 后篇 
　　真鱼被绑住关在真人的秘密基地，涌太则拖著受伤的身子遍寻不到真鱼，只好回到真人住的别墅，在那里遇到了真人，真人虽然是个小孩，仍然设下陷阱想取下涌的人头，失败后又拿出手枪想杀了涌太，这时拼命挣脱的真鱼及时赶到，虽然阻止了涌太被杀，自己却也不支倒地。真人放弃了让真鱼陪自己的念头，又发现原来的妈妈已经死去，就放火烧了房子，自己也带著人鱼肉开车逃跑...