1、遗传因素：由于家族成员都不高，造成遗传基因得不到修复及改良，使得下一代一般矮小。2、体质性青春发育延迟：出生体重正常，但生长速度缓慢，青春发育期间向后延迟2至4年，甚至要到18岁后才开始发育，造成骨骼生长的细胞素不能产生大量生骨细胞，形成矮小。3、继发于全身性疾病：如营养不良、严重贫血、缺钙、甲状腺功能低下（克汀病）、慢性肾上腺皮激素退症等，造成骨骼的生长健康环境不合理，加速骨骺闭合期，造成矮小。4、垂体性身材矮小：由于下丘脑垂体前叶功能减退，造成脑下垂体分泌生长因子减少，使得生长速度缓慢，导致矮小。5、其他：营养物质消化吸收、利用障碍、摄入营养与热量不足，都会加速延缓骨骺闭合期，造成矮小。
