各类第三方支付本质上的盈利模式基本相同，都是基于交易流量收取一定比例手续费。收服务费或支付服务费是第三方支付机构最核心的收入来源，即通过为商业机构提供支付管理和系统支撑基于支付交易额收取一定比例的费用，可以理解成为流量业务。）除此之外，由于央行规定资金支付周期是T+1，第三方支付机构还可通过T+0 资金服务，向商户收取更高比例的手续费。在“九六费改”之前，银行卡收单机构还可通过套码套现等不合规手段获取一部分高毛利收入。
　　手续费部分根据行业平均水平估算各个环节的收入与交易额比例，同时根据通常情况下的业务流程梳理利益分配关系。第三方互联网和移动支付机构收取商户约0.6%的支付服务费，其中约0.3%用于多级渠道拓展和商户系统接入，发卡行手续费约为0.1%，未来网联清算费用约为0.01%，若银行提供二清服务则还需支付0.2%的二清服务费；第三方银行卡收单在“九六费改”后实行了新的收费规则，实现了手续费的借贷分离，以借记卡为例，商户约支付0.6%的收单服务费，其中发卡行收取0.35%，银联收取0.065%，第三方收单机构根据市场调节服务费，目前费率约为0.1%，同时第三方收单机构如果通过渠道方式拓展商户则还需要拿出约70%的收入即0.07%的手续费用于发展渠道代理。
中国第三方支付是特指具备一定实力和信誉保障的第三方独立机构，一般通过和银行合作的方式，提供交易支持工具和平台，实现资金的转移的一种新型支付模式。目前主要媒介有以互联网为媒介的互联网支付和以手机为媒介的移动支付，以及交易量比较小的预付卡支付和银行卡收单业务。支付工具目前以手机扫描二维码，NFC近场支付为主。
　　2010年以来，中国第三方支付市场的交易规模保持50%以上的年均增速迅速扩大，已经成为全球的领跑者。 根据比达咨询(BigData-research)最新发布的《2016中国第三方移动支付市场研究报告》指出，2016年中国第三方支付总交易额为57.9万亿人民币，相比2015年增长率为85.6%。其中移动支付交易规模为38.6万亿元，约为美国的50倍。