医院拥有1个教育部高原区域性高发肿瘤国际合作联合实验室,3个重点实验室(云南省肺癌研究重点实验室、云南省细胞治疗转化医学重点实验室、云南省高校肿瘤防治实验室)、2个研究所(云南省肿瘤研究所、云南省肺癌研究所)、10个肿瘤研究中心(云南省妇科肿瘤临床研究中心、云南省乳腺癌临床诊疗研究中心、云南省肿瘤化疗与生物治疗研究中心、云南省骨与软组织肿瘤临床研究中心、云南省大肠癌临床研究中心、云南省放射治疗研究中心、云南省肿瘤分子标志研究中心、云南省肿瘤护理研究中心、云南省肿瘤姑息医学研究中心、云南省中西医结合肿瘤临床研究中心)、3个工作站(詹启敏院士工作站、陈颉院士工作站、博士后科研工作站)、9个住院医师规范化培训基地和2个创新团队(云南省高发肺癌防治创新团队、云南省骨与软组织肿瘤创新团队)。7个省级继续医学教育基地(肿瘤学继续医学教育培训基地、肿瘤外科学继续医学教育培训基地、肿瘤内科学继续医学教育培训基地、放射肿瘤学继续医学教育培训基地、妇科学继续医学教育培训基地、肿瘤护理学继续医学教育培训基地、中西医结合肿瘤学继续医学教育培训基地)。