《监狱学园》讲述了东京郊外的私立八光学园的故事，这所为了培养大小姐的贵族学校从公元2011年4月开始正式改为了男女合校，首批入学的男子有五个人。 他们并不是全员都帅得一塌糊涂能够迷倒众生，甚至相貌属于很不起眼的类型。其中一名叫藤野清志的男生，虽然因为被女生包围而感到雀跃不已，但是却在同伙的其他四名男生怂恿之下，半推半就参与了偷窥女生洗澡的活动！而且东窗事发之后还被地下学生会监禁……