从北宫向南,经由御道穿行过一片有 298 所房屋的建筑密集区后,是阿玛尔纳城区的中心地带。中心地带拥有许多重要的宗教场所和行政场所。御道以东的第一个建筑是阿吞大神庙(The Great Temple of the Aten),长 730 米,宽 229 米。大神庙分为东、西两部分,神庙的西面为“欢愉之殿”,殿北面是一个称作“发现阿吞之地”的区域,而殿南侧则是布有数百张供桌的空地,神庙的东边则是屠场,旁边是“奔奔石”的所在地。从早期埃及文明开始,圆顶的奔奔石就象征了太阳,奔奔石在阿吞神庙的出现,也意味着太阳崇拜的一度昌盛。与大神庙相对应的,还有一座阿吞小神庙(The Small Aten Temple),小神庙基本上与大神庙对应,很有可能是王室的私人祭神场所。
御道的西面是大宫殿的所在地,大宫殿由石材构成,彩绘的铺面至今仍无褪色。大宫殿包含大厅、庭院、水池和埃赫那吞的巨大雕像,其南部附加了一座为埃赫那吞的直接继位者斯门卡拉(Smenkhkare, 约公元前1338~ 前 1336年在位)所修建的大厅,厅内有 30 排 510 根砖柱。有一座泥砖桥从大宫殿出发,与御道东面的“国王之屋”相连。
国王之屋是国王处理政务的场所,国王在这里不断下达政令、奖惩官员,推动着一个进行宗教变革的国家不断前行。国王之屋的附近,是档案室,考古队1887 年从此处挖掘出尘封已久的楔形文字泥版,共 382 块,由阿卡德语写就,其内容主要是赫梯、亚述、巴比伦等国的国王寄给埃赫那吞以及其父阿蒙霍泰普三世的外交信件,这些都是研究古代埃及与近东关系的重要资料。
中心城区的南部被称作南郊,此处基本上是达官贵人的邸宅以及他们的田产,维西尔、阿吞祭司和王室总管都居于此处。此外还有作坊区,值得一提的是,这里有一处遗址名为图特摩斯工房,于 1912 年被德国人发现,现收藏在柏林博物馆的娜芙蒂蒂半身像正是出于此处。在市区的最南边,一处被挖掘出的玛鲁阿顿神庙(Maru-Aten)遗址静静伫立,里面曾经拥有的绿化庭院和浅湖构成了一幅质朴的田园色彩画,依赖于太阳的自然景象,似乎从本源上揭示了太阳崇拜的本质。
在城市的主体之外,考古队陆续发现了数个重要的遗址。城区的东北部是沙漠祭坛,由三部分组成:方形的带坡道平台,存在一处放置类似于奔奔石的坑;三座“天棚”;以及带斜坡的多柱厅。沙漠祭坛(Alter)可以说是城区之外沙漠之中的一组独立的建筑物,这座建筑很有可能作为一个临时的庆典场地,埃赫那吞在继位第 12 年举行接待外国使节的盛会的地点或许就在于此。城区的东部是工匠村,长 250 米,宽 300 米。