而蚩尤所打开的通道,后来称为『神魔之井』,不断壮大的魔族仍穿越神魔之井侵扰人界。同时五灵神不愿回仙界或回五灵珠,且开始扰乱人间,三皇之一女娲力战五灵神,将五灵神逼回灵珠,而五灵珠也四散神州。神族占据仙界享受极乐之悦,却将人类留在人界经历磨难,在五灵神和魔族磨练下日渐强大的人类对仙界积怨已深,最终爆发起义,三皇之一天帝(伏羲)下令镇压,遭到人类顽强抵抗,天帝恼怒,下令女娲毁灭人类,重新创造敬神的新人类,女娲抗命不从,并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍,派神将毁灭大地,大部分人类遭到屠杀,女娲率领人类对抗仙界,补天地,阻洪水,挽救了残存人类的命运。不久女娲力竭死去,后代一直留在人间,世代守护人类。