有机肥与化学氮肥存在相互作用。一方面，化学氮能促进有机氮的矿化，提高有机肥料氮的有效性；另一方面，有机肥可促进化学氮肥的生物固定，减少无机氮的硝化与反硝化作用，从而减少无机氮的损失，延长化学氮肥的供肥性能。
有机肥对无机磷肥效果有良好影响。有机肥能为植物提供磷营养，植料中含磷的有机化合能被酶分解释放无机磷而被植物吸收；有机肥能活化植料中的磷，有机肥在腐解过程中产生有机酸促使植料中磷的活化；有机肥能减少磷肥在植料中的固定，有机肥的腐解产物——碳水化合物和纤维素能掩蔽黏土矿物上的吸附位，从而减少磷肥的固定，提高其有效性。
在有机肥中钾的有效性高，植物能吸收利用，因此在钾源不足的情况下，有机肥可以代替化学钾肥。
有机肥中含有各种微量元素，它们可与螯合剂形成螯合物而提高其有效性。